Hi John,<div><br></div><div>Thanks very much for looking into this! I will do some testing on your code, then if it's OK with you I will add it to the repository and it will appear in release 60.</div><div><br></div><div>
Cheers,</div><div><br></div><div>Will McLaren<br>Ensembl Variation<br><br><div class="gmail_quote">On 24 August 2010 22:05, Ma, Man Chun John <span dir="ltr"><<a href="mailto:manchunjohn-ma@uiowa.edu">manchunjohn-ma@uiowa.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Hi all,<br>
<br>
I made a few minor improvements for VariationAdaptor.pm:<br>
<br>
1. In both get_all_by_dbID_list and get_all_by_name_list methods, when<br>
the query list is only 1 element in length, $id_str would be currently<br>
set without single quotes around the query, which would cause mySQL to<br>
mistoke that as a column name. I have added back the single quotes.<br>
<br>
2. I have implemented the synonym table search in get_by_name in<br>
get_all_by_name_list, but with a single issue: Any Variation objects<br>
that are only found in this search would be put *before* those found in<br>
the first search.<br>
<br>
Although I made basic tests on my system, I'm not savvy enough in this<br>
stuff to be sure if that works right-- especially given I forgot what I<br>
learnt in SQL. Comments are appreciated.<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
John MC Ma<br>
Graduate Assistant<br>
Kwitek Lab<br>
Department of Internal Medicine<br>
3125E MERF<br>
375 Newton Road<br>
Iowa City IA 52242<br>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list<br>
<a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
<a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>