Thanks, that was very helpful! I am upgrading right away.  <br><br>-Kiran<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 15, 2010 at 4:49 PM, Jan-hinnerk Vogel <span dir="ltr"><<a href="mailto:jhv@sanger.ac.uk">jhv@sanger.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">HI Kiran,<br>
<br>
we're currently running Mysql version:   5.1.39 on the instances we're using for production.<br>
The code works with  InnoDB too - however we're using mainly MyISAM , only under very heavy<br>
load I convert a table to InnoDB, ie mostly tables which have a lot of reads/inserts and deletions<br>
from multiple hosts, ie job + input_id_analysis. You will get better read performance with MyISAM.<br>
<br>
I would not go below 5.1.39 as there where some mysql performance issues with left joins over empty tables<br>
( ie the api does that with gene + gene-stable_id, transcript + transcript_stable_id etc ). Also, there was a<br>
mysql bug in one earlier 5.1 version which ignored an 'ordered by' clause which caused trouble ( Exons did<br>
not get returned ordered by their rank, which caused trouble for the translations).<br>
<br>
If you have big tables  new partition feature is quite nice - we've also seen that mysql queries on huge tables<br>
speed up if you sort the entries in the table, ie sort the dna_align_feature table by seq_region_id, seq_region_start and<br>
seq_region end.<br>
<br>
Hth and let me know if you got more questions,<br>
<br>
Kind regards,<br>
<br>
                     Jan-Hinnerk Vogel<br>
<br>
<br>
==<br>
Ensembl Genebuild Team Project Leader<br>
<a href="http://www.ensembl.org" target="_blank">www.ensembl.org</a><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
<br>
<br>
On 15 Sep 2010, at 22:30, Kiran Mukhyala wrote:<br>
<br>
</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="h5">
Hello,<br>
<br>
A few of my local Ensembl database tables crashed recently and I am looking into the possible causes and options to avoid this in the future.<br>
Does the Ensembl API work with the InnoDB storage engine? My current server version is 5.0.83. Do you recommend upgrading the server to 5.1?<br>
<br>
Thank you in advance,<br>
<br>
-Kiran<br></div></div>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list<br>
<a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
<a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
</blockquote>
<br>
</blockquote></div><br>