
<HTML>

<HEAD>

<TITLE>slice adaptor</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<FONT FACE="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:11pt'>Hi all<BR>

<BR>

I am using ensembl api to extract information for overlapping features to the regions of interest. here is the code that I am using.<BR>

<BR>

my $start = shift;<BR>

my $end = shift;<BR>

my $chr = shift;<BR>

my $strand = shift;<BR>

<BR>

my $slice_adaptor = $registry->get_adaptor('mouse', 'Core', 'slice');<BR>

my $coordinate_system = "chromosome";<BR>

<BR>

my $slice = $slice_adaptor->fetch_by_region($coordinate_system, $chr, $start, $end, $strand, 'NCBIM37');<BR>

<BR>

print $slice->seq_region_name ." is chromosome and ".$slice->seq_region_length ." is length\n";<BR>

<BR>

I have tried using the fetch_by_region method with and without one/all of the following:<BR>

$coordinate_system, strand and version.<BR>

<BR>

I have always supplied $chr $start and $end as at the minimum three arguments to method call.<BR>

<BR>

When I check the seq_region_name it corresponds with the chromosome name I supply.<BR>

However, the seq_region_length doesn’t correspond to the start and end I supply. instead it just returns the slice over the whole chromosome.<BR>

<BR>

Can somebody please let me know if I am doing something wrong or not?<BR>

<BR>

Regards<BR>

<BR>

-- <BR>

</SPAN><SPAN STYLE='font-size:12pt'>Hardip R. Patel<BR>

</SPAN><SPAN STYLE='font-size:11pt'>Bioinformatician, Molecular Genetics Division,<BR>

Victor Chang Cardiac Research Institute,<BR>

Darlinghurst, NSW – 2010, Australia<BR>

(W): +61 – 2 – 9295 8611<BR>

(M): 0449 180 715<BR>

<BR>

VCCRI 12th International Symposium <BR>

<FONT COLOR="#008FFE">“Charting the depths of RNA: from molecules to therapies”<BR>

</FONT>19 November 2010<BR>

visit <FONT COLOR="#0000FF"><U><a href="http://www.victorchang.edu.au">http://www.victorchang.edu.au</a></U></FONT> for details<BR>

<BR>

<BR>

</SPAN></FONT>

</BODY>

</HTML>