
<HTML>

<HEAD>

<TITLE>gene centred info via slices</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<FONT FACE="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:11pt'>Dear all<BR>

<BR>

I am trying to fetch gene centred information using following code. It takes a long time to extract information for all genes from human or mice at least.<BR>

<BR>

I was wondering if the following code could be optimized to get information faster.<BR>

<BR>

my $slice_adaptor = $registry->get_adaptor($spec, 'Core', 'slice');<BR>

  foreach my $slice (@{$slice_adaptor->fetch_all('toplevel')}){<BR>

    foreach my $gene (@{$slice->get_all_Genes}){<BR>

      foreach my $transcript (@{$gene->get_all_Transcripts}){<BR>

          foreach my $exon (@{$transcript->get_all_Exons}){<BR>

            ####get transcript, UTR, exon, and intron start and end in cDNA coordinates and genomic coordinates<BR>

        }<BR>

      }<BR>

    }<BR>

}<BR>

------<BR>

<BR>

Regards<BR>

<BR>

-- <BR>

</SPAN><SPAN STYLE='font-size:12pt'>Hardip R. Patel<BR>

</SPAN><SPAN STYLE='font-size:11pt'><BR>

VCCRI 12th International Symposium <BR>

<FONT COLOR="#008FFE">“Charting the depths of RNA: from molecules to therapies”<BR>

</FONT>19 November 2010<BR>

visit <FONT COLOR="#0000FF"><U><a href="http://www.victorchang.edu.au">http://www.victorchang.edu.au</a></U></FONT> for details<BR>

<BR>

<BR>

</SPAN></FONT>

</BODY>

</HTML>