Hello Andrea,<br><br>That means that for cattle we only have variation dat from dbSNP ....<br><br>Cheers,<br>Bert<br><br><div class="gmail_quote">On Sun, Oct 24, 2010 at 8:50 PM, Andrea Edwards <span dir="ltr"><<a href="mailto:edwardsa@cs.man.ac.uk">edwardsa@cs.man.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">





<div bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi<br>
<br>
I am trying to find out what sources of sequence variants ensembl uses
for cattle data apart from dbSNP. On the website it says:<br>
<br>
<a href="http://www.ensembl.org/info/docs/variation/index.html" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/docs/variation/index.html</a><br>
<p>Ensembl also includes data from other sources. For a complete list,
go to a species Location page (e.g. <a href="http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Location/View?r=6:133017695-133161157" target="_blank">for
human</a>), and click on the "Configure Your Page" link on the
left-hand side. The variation section of this contains a detailed
description of all sources of variation data for that species. For
example, in human there is data from Illumina chips, <a href="http://www.affymetrix.com/index.affx" rel="external" target="_blank">Affy
GeneChip Arrays</a>, the <a href="http://www.ebi.ac.uk/ega/page.php" rel="external" target="_blank">European Genome-phenome Archive (EGA) </a>as well as
an increasing amount of phenotype data.<br>
</p>
<p><br>
If you do this for cow it just says:<br>
-all sources<br>
-dbSNP<br>
</p>
<p>How do I find out the other sources apart from dbSNP?<br>
</p>
<p>thanks<br>
</p>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list<br>
<a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
<a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Bert Overduin, Ph.D.<br>PANDA Coordination & Outreach<br><br>EMBL - European Bioinformatics Institute<br>Wellcome Trust Genome Campus<br>Hinxton, Cambridge CB10 1SD<br>
United Kingdom<br><br><a href="http://www.ebi.ac.uk/%7Ebert" target="_blank">http://www.ebi.ac.uk/~bert</a><br>