<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">

  </head>

  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

    Hi<br>

    <br>

    I'm a bit confused by the transcript mapper. The docs say about the

    cdna2genomic method<br>

    <br>

    <table id="methDescArea" width="100%">

      <tbody>

        <tr>

          <td>

            <pre id="podParagraph">  Arg [1]    : $start

               The start position in cdna coordinates

  Arg [2]    : $end

               The end position in cdna coordinates

  Example    : @cdna_coords = $transcript_mapper->cdna2genomic($start, $end);

  Description: Converts cdna coordinates to genomic coordinates.  The

               return value is a list of coordinates and gaps.

  Returntype : list of Bio::EnsEMBL::Mapper::Coordinate and

               Bio::EnsEMBL::Mapper::Gap objects

  Exceptions : throws if no start or end

  Caller     : general

  Status     : Stable</pre>

          </td>

        </tr>

      </tbody>

    </table>

    <br>

    <br>

    What would/could the gaps be in a transcript? <br>

    <br>

    If your transcript did contain gaps would the return value be an

    array which contained both refs to coordinate objects and gap

    objects and you would have to iterate over the array and determine

    the type of the ref at each position?<br>

    <br>

    thanks<br>

  </body>

</html>