Hello Andreas,<br><br>Thanks for your reply.<br><br>Yes I specified the inputfile name as mentioned by you. I used <br>perl IDmapper.pl -s human -f <a href="http://idmapper.in">idmapper.in</a> and<br> IDmapper.pl --species=human < ./inputfile<br>
<br>But still it does not print anything. I am not sure what's wrong.<br><br>Thanks again.<br><br>Best Regards,<br>Urjaswita<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Nov 15, 2010 at 10:43 AM, Andreas Kahari <span dir="ltr"><<a href="mailto:ak@ebi.ac.uk">ak@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hi Urjaswita,<br>
<br>
How did you run the program?<br>
<br>
The ID mapper code needs to be run with --species=human (for human, for<br>
example), and with the input file either piped into standard input:<br>
<br>
  IDmapper.pl --species=human < ./inputfile<br>
<br>
or<br>
<br>
  cat inputfile | IDmapper.pl --species=human<br>
<br>
or by specifying with --file=inputfile what file to read:<br>
<br>
  IDmapper.pl --species=human --file=inputfile<br>
<br>
If only the species is specified, the program will not print anything<br>
and will wait for input on standard input.<br>
<br>
Note that I'm utterly unfamiliar with Windows, so I can not give any<br>
Windows-specific help.<br>
<br>
<br>
Andreas<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
On Sat, Nov 13, 2010 at 04:51:41PM +0100, Urjaswita Yadav wrote:<br>
> Dear List Members,<br>
><br>
> This maybe a bit naive question since i am using Ensembl API for the first<br>
> time. While trying to setup the Ensembl API, I followed the instructions and<br>
> I guess it installed correctly. I also have Bioperl and DBI installed.<br>
><br>
> But when I am trying to use any script e.g. Idmapper.pl (<br>
> <a href="ftp://ftp.ensembl.org/pub/misc-scripts/ID_mapper_1.0/" target="_blank">ftp://ftp.ensembl.org/pub/misc-scripts/ID_mapper_1.0/</a>) it does not do<br>
> anything. It neither prints any output nor any error message. I tried some<br>
> other scripts too but the response is same: no error and no output, it just<br>
> remains executing. It even does not prints a statement that I write at the<br>
> top of program.<br>
><br>
> This might be a problem with proxy but I am not sure as I am able to ping<br>
> Ensembl database but am not able to connect to it using a database client<br>
> like SQLyog. However I am able to download files from internet using<br>
> LWP::Simple. While browsing the internet using mozilla I select "No proxy"<br>
> or "autodetect proxy" for the network.<br>
><br>
> I am using Windows XP. It would be a great help if anyone could suggest<br>
> anything. The programs I tried are attached.<br>
><br>
> Thanks in anticipation.<br>
><br>
> Best Regards,<br>
> Urjaswita<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list<br>
> <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
<font color="#888888"><br>
<br>
--<br>
Andreas Kähäri, Ensembl Software Developer<br>
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)<br>
Wellcome Trust Genome Campus<br>
Hinxton, Cambridge CB10 1SD, United Kingdom<br>
</font></blockquote></div><br>