Andreas,<br><br>Looking at your last (extensive) response, it generates some more questions.<br><br>1) I assume NMD means "Named", e.g. a genomic area named in the Gene Names database (which I think includes RNA which is non-coding).  Is this correct?<br>
<br>2) How many actual completely sequenced genomes are being used to provide these statistics?  Or is the data simply derived from the current human SNP database (which could easily be lacking with respect to complex indels).<br>
<br>3) Is there documentation on how to download the human database from which the mysql results are derived and set it up locally?  Also documentation on the table format(s)?<br><br>As the accumulation of indels in single cells (due to corruptive repair of DNA double strand breaks by WRN & DCLRE1C) is likely to be a primary cause of aging (IMO) [1].  Is there any attempt to determine at what point the noise level in sequences is suggestive of indels indicates "aged" cells (or a possibly pre-aged genome if the indels happened during early embryongenesis) are present? [2]  The problem is that if indels are taking place in cells individually they may be impossible to detect in gross multi-cell genome sequencing or SNP studies.  The only way they might be detected is through unusual noise levels indicating that some fraction of the cells have damaged genomes.  My assumption here may be that indel mutations are somewhat more obvious than SNP mutations but this may depend on the methods used.<br>
<br>Thanks,<br>Robert<br><br>1) Indels accumulate over ones lifespan in cells and a fraction of which cause frameshift mutations.  These potentially activate the ER and mitochondrial unfolded protein responses causing a cellular protein synthesis shutdown and/or apoptosis.  Those which do not do this may contribute to cellular stress which activates the cellular senescence program which has other negative consequences.<br>
2) Of course it may be possible that most of the genomes used to produce current human genomic databases are from relatively young individuals.  Only that of James Watson would in my book qualify as an "aged" genome.<br>