<p class="MsoNormal"></p><p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;">Hi everyone,</span></font></p><p class="MsoNormal">
<font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;"><br></span></font></p><p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;">I am completely desperate with a problem (I spent about 3 days on this problem) with the EnsemblGenomeViewer and its DAS part and I really hope that someone could help me (or even give me clues)…</span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;"><br></span></font></p><p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;">Using Ensembl Genome Viewer and the Distributed Annotation System, I want to display my annotations (features) as gradients, histograms, as presented at: <a href="http://www.dasregistry.org/extension_stylesheet_histogram.jsp">http://www.dasregistry.org/extension_stylesheet_histogram.jsp</a></span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;"><br></span></font></p><p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;">As explained, to make it possible, the DAS server (I am using the Sanger proserver DAS server) must provide a stylesheet with specific type elements: GRADIENT, HISTOGRAM, etc…</span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;"><br></span></font></p><p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;">Also, logically, the feature element must refers to this type (GRADIENT or HISTOGRAM, …) with start, end, score, type, ori attributes…</span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;"><br></span></font></p><p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;">The thing is that:</span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;">When I try this, nothing is displayed in my panel… Or more precisely, my track disappears (not an empty track or an error track, it is like if my track is not added)…</span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;"><br></span></font></p><p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;">For test:</span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;">When I try this, without defining a type attribute in my feature elements, my track is well displayed, but not as a gradient or histogram.</span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;">When I try this, with defining a wrong type name in my feature elements (defined as “FOO” for exemple), my track is well displayed, but also not as a gradient or histogram.</span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;"><br></span></font></p><p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;">It really seems that the GRADIENT or HISTOGRAM types are detected but that something wrong is happening somewhere in the processing…</span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;"><br></span></font></p><p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;">Does someone has an idea how it could be possible?</span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;"><br></span></font></p><p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;">I have tried to validate my DAS source with:</span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;"><a href="http://www.dasregistry.org/validateServer.jsp">http://www.dasregistry.org/validateServer.jsp</a></span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;">and everything seems ok.</span></font></p><p class="MsoNormal">
<font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;"><br></span></font></p><p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;">The very strange thing is I that I was able to display my tracks as GRADIENT few weeks ago… :(</span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;">Does someone know if there where something changed in the DAS part of the Ensembl Genome Viewer last weeks ?</span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;"><br></span></font></p><p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;">Thank you so much for all your advices or clue concerning my problem.</span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;"><br></span></font></p><p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;">Best,</span></font></p>
<p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;"><br></span></font></p><p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="Cambria, serif" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; line-height: 13px;">Cosmo</span></font></p>
<div style="font-family: Cambria, serif; font-size: 12px; line-height: 13px; "><br></div><p></p>