This would make a *very* good addition to the docs, IMO. In my experience, undocumented magic strings such as this are a major contributor to many peoples' fear of the Ensembl APIs!<div><br></div><div><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"><a href="http://www.ensembl.org/info/docs/Pdoc/ensembl-compara/modules/Bio/EnsEMBL/Compara/DBSQL/MemberAdaptor.html#POD16">http://www.ensembl.org/info/docs/Pdoc/ensembl-compara/modules/Bio/EnsEMBL/Compara/DBSQL/MemberAdaptor.html#POD16</a></div>

<div><br></div><div>On a related note: why is there no $member_adaptor->fetch_by_stable_id() method? My guess is most 'casual' users have little use for the source argument anyways, and it's very nonintuitive to have to use the fetch_by_source_stable_id method with the first argument being undef.<br>

<div><br></div><div><div>greg<br><br><div class="gmail_quote">2010/11/25 Andy Yates <span dir="ltr"><<a href="mailto:ayates@ebi.ac.uk">ayates@ebi.ac.uk</a>></span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

You've spelt the source name incorrectly. Ensembl proteins are known as ENSEMBLPEP in compara so your code should look more like:<br>
<br>
my $member = $member_adaptor->fetch_by_source_stable_id('ENSEMBLPEP','ENSDARP00000030499');<br>
<br>
Apart from that your code looks good.<br>
<br>
Andy<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
On 25 Nov 2010, at 10:17, Koray Doğan Kaya wrote:<br>
<br>
> Can't I call a zebrafsh protein like this?<br>
><br>
><br>
> my $member_adaptor =<br>
> Bio::EnsEMBL::Registry->get_adaptor('Multi','compara','Member');<br>
><br>
> my $member =<br>
> $member_adaptor->fetch_by_source_stable_id('ENSEMBLPROTEIN','ENSDARP00000030499');<br>
><br>
> # print out some information about the Member<br>
> print $member->description, "\n";<br>
><br>
> --<br>
> M.Sc. Koray Dogan Kaya<br>
> PhD Candidate<br>
> Bilkent University,<br>
> Department of Molecular Biology and Genetics<br>
> 06800 / Ankara<br>
> Turkey<br>
> Mobile: (+90) 533 526 09 51<br>
> Office: (+90)  312 290 24 03<br>
> e-mail: <a href="mailto:kkaya@bilkent.edu.tr">kkaya@bilkent.edu.tr</a><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list<br>
> <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
<br>
</div></div><font color="#888888">--<br>
Andrew Yates                   Ensembl Genomes Engineer<br>
EMBL-EBI                       Tel: +44-(0)1223-492538<br>
Wellcome Trust Genome Campus   Fax: +44-(0)1223-494468<br>
Cambridge CB10 1SD, UK         <a href="http://www.ensemblgenomes.org/" target="_blank">http://www.ensemblgenomes.org/</a><br>
</font><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list<br>
<a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
<a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div></div>