
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META http-equiv=Content-Type content=text/html;charset=gb2312>

<META content="MSHTML 6.00.5730.13" name=GENERATOR></HEAD>

<BODY id=MailContainerBody 

style="PADDING-RIGHT: 10px; PADDING-LEFT: 10px; PADDING-TOP: 15px" leftMargin=0 

topMargin=0 CanvasTabStop="true" name="Compose message area">

<DIV><FONT face=ثخجه size=2>Hi All,</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=ثخجه size=2></FONT> </DIV>

<DIV><FONT face=ثخجه size=2>Does any one know a program 'translate' with an option 

-m? It was used in Bio::EnsEMBL::Analysis::Tools::TranslateTools.pm. Runing with 

-m means translating DNA with Met. I have no idea where this program from. Maybe 

you have familiar with this program or gramene genebuilder pipeline. Tell me 

somethings. Thanks.</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=ثخجه size=2></FONT> </DIV>

<DIV><FONT face=ثخجه size=2>Sincerely,</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=ثخجه size=2>Jinfeng Chen</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=ثخجه size=2></FONT> </DIV>

<DIV><FONT face=ثخجه size=2></FONT> </DIV>

<DIV><FONT face=ثخجه size=2>    my $command;<BR>    

if ( $met){<BR>        $command = "translate 

-m $file |";<BR>    }<BR>    

else{<BR>        $command = "translate $file 

|";<BR>    }<BR>    open ( ORF, $command ) || die( 

"Error running translate" );<BR>    

############################################################<BR>    

# out put is of the form:<BR>    #> 

gi|20070124|ref|NM_000918.2|.44    length 62, nt 

2236..2051<BR>    

#AHDRRRSPGLREGEGPGLCRAPGLAATSSSSRHGGHPDRIRKSPFTQKCKSHDQSWRHCRRY<BR>    

#> gi|20070124|ref|NM_000918.2|.45    length 34, nt 

2047..1946<BR>    

#VTMSSPAPSLPHGGQASPRRPGQGGTNTLMSKNV<BR>    #> 

gi|20070124|ref|NM_000918.2|.46    length 34, nt 

1942..1841<BR>    

#KSHRRNFQKEEKPPAGGRQRDSEHGSKHSGQTHV<BR></FONT></DIV></BODY></HTML>