<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Dec 2, 2010 at 10:33 AM, Andreas Kahari <span dir="ltr"><<a href="mailto:ak@ebi.ac.uk">ak@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div class="im">On Thu, Dec 02, 2010 at 10:53:36AM +0100, Patrick Meidl wrote:<br>
> On Thu, Dec 02 2010, Andy Jenkinson <<a href="mailto:andy.jenkinson@ebi.ac.uk">andy.jenkinson@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br>
><br>
> > > On Thu, Dec 02 2010, ian Longden <<a href="mailto:ianl@ebi.ac.uk">ianl@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br>
> > ><br>
> > >> Use $gene->get_all_DBLinks as this gets the external database<br>
> > >> references on the transcripts and translations of the gene too.<br>
> > >><br>
> > >> DBEntries only gets the ones attached to the gene directly.<br>
> ><br>
> > Also, whether something is attached to a gene or transcript is not<br>
> > always intuitive: as I understand it, it depends on how the mapping<br>
> > was done, not the logical data model relationships. You have to know<br>
> > the internal data model before you can use it. For example, why is an<br>
> > EntrezGene not a gene-related record?<br>
><br>
> exactly. I therefore think that what is now called get_all_DBLinks()<br>
> should have an intuitive name which highlights that in most cases,<br>
> _this_ is the right method for getting xrefs.<br>
<br>
</div>On the contrary.  If the users knows what external database they are<br>
querying for (which they often do), and they know what level the xref<br>
are annotated on (which they also often do), </blockquote><div><br>From the fact that I've seen quite some helpdesk tickets in the past from people who are trying to get xrefs from the wrong level and the fact that I myself, even though I teach the core API, can never remember which xref is done on which level, I I am afraid you're far too optimistic here .... :0<br>
<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">then get_all_DBEntries()<br>
is definitely the most correct method to call.  It is lots quicker than<br>
get_all_DBLinks().  The DBLinks method is a lazy catch-all. </blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div class="im"><br>
> get_all_DBEntries() is a special case which most users won't need, and<br>
> the name should indicate its nature as well (and maybe have a less<br>
> catchy name so that people don't use it by accident, as is the case<br>
> now).<br>
<br>
</div>See above.<br>
<br>
Cheers,<br>
Andreas<br>
<div class="im"><br>
<br>
> sure, all this is documented in the POD, but the beauty of the Ensembl<br>
> core API is that object and method names are so intuitive that in 95% of<br>
> the use cases you don't have to read the documentation. so, ironing out<br>
> the few wriggles would be cool.<br>
><br>
> cheers<br>
><br>
>     patrick<br>
><br>
> --<br>
> Patrick Meidl, Mag.<br>
> Bioinformatician<br>
><br>
> Ce-M-M-<br>
> Research Centre for Molecular Medicine<br>
> of the Austrian Academy of Science<br>
><br>
> Lazarettgasse 14 / AKH BT 25.3<br>
> Vienna, Austria<br>
><br>
> room 02.205<br>
> phone +43 1 40160 70016<br>
> email <a href="mailto:pmeidl@cemm.oeaw.ac.at">pmeidl@cemm.oeaw.ac.at</a><br>
> web <a href="http://www.cemm.at/" target="_blank">http://www.cemm.at/</a><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list<br>
> <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
><br>
<br>
</div><font color="#888888">--<br>
Andreas Kähäri, Ensembl Software Developer<br>
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)<br>
Wellcome Trust Genome Campus<br>
Hinxton, Cambridge CB10 1SD, United Kingdom<br>
</font><div><div></div><div class="h5"><br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list<br>
<a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
<a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Bert Overduin, Ph.D.<br>PANDA Coordination & Outreach<br><br>EMBL - European Bioinformatics Institute<br>Wellcome Trust Genome Campus<br>Hinxton, Cambridge CB10 1SD<br>
United Kingdom<br><br><a href="http://www.ebi.ac.uk/%7Ebert" target="_blank">http://www.ebi.ac.uk/~bert</a><br>