Hi there,<br><br>I have a slight problem with a script I've written to find orthologs for a list of mouse genes using the <span class="il">Ensembl</span> Compara database. I have a large list of genes and whenever I run the script I get an error message at some point saying:<br>

<br>Can't call method "isa" on an undefined value at /Network/.../Bio/<span class="il">EnsEMBL</span>/Compara/DBSQL/HomologyAdaptor.pm line 185<br><div id=":x0"><br>When
 I remove the offending gene id from the list I'll get the error again 
because of some other gene. This has happened to me before because of 
genes no longer being in a new version of <span class="il">EnsEMBL</span>, in this case however the genes are in the latest <span class="il">EnsEMBL</span>
 version but they aren't in the compara database, perhaps because some 
of them may be predicted. The problem is whenever the script comes across one of these genes the program exits instead of just ignoring the gene and going to the next one. Rather than going through my entire list of 
genes and manually removing any that aren't in the compara database I'd 
like to just be able to skip any of the genes that aren't found, so 
rather than the program exiting once it comes across a gene that isn't 
in the database I'd like it to just continue with the next gene.<br>
Is there any way to go about this? I appreciate any suggestions you might have.<br><br>Regards,<br><font color="#888888"><br>Daniel Murphy</font></div>