Hi<div><br></div><div>I was wondering if you could give me a hand with some suggestions on how I can retrieve Major and Minor allele frequencies for any given SNP accross all available populations on the database.</div><div>

<br></div><div>Right now the code I have written basically gets a set of coordinates and retrieves information regarding the snp position. What I would like to obtain would be a list of major and minor allele frequencies that you can see on the ensembly website on the population genetics section:</div>

<div><br></div><div><a href="http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Population?r=1:114377068-114378068;v=rs2476601;vdb=variation;vf=11790081">http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Population?r=1:114377068-114378068;v=rs2476601;vdb=variation;vf=11790081</a></div>

<div><br></div><div>I am sorry if the question is too obvious I always try to find things on my own but I am a bit of a newbie working with ensembl api.</div><div><br></div><div>Best regards</div><div><br></div><div>Duarte</div>

<div><br></div><div><b>perl code:</b></div><div><br></div><div>sub getRCfreq{</div><div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>my $rsID = shift; </div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>my $chr = shift;</div>

<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>$chr =~ s/chr//;</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span>my $start = shift;</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>my $end = shift;</div>

<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>my @return_data = ();</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>       #get slice adaptor</div>

<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>my $sa = $reg->get_adaptor('Human','Core','Slice');</div><div>        #get slice</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>my $slice = $sa->fetch_by_region( 'chromosome', $chr,$start,$end);</div>

<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span>my $vfa = $reg->get_adaptor('human','variation','variationfeature');</div>

<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>my $variation = $vfa->fetch_all_by_Slice($slice);</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span></div>

<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>foreach my $vf (@{$variation}){</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">              </span></div><div> <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">            </span>push (@return_data, "Variation: ". $vf->variation_name. " with alleles ". $vf->allele_string, </div>

<div>        <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">              </span>" in chromosome ". $slice->seq_region_name, " and position ". $vf->start,"-".$vf->end );</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>}</div>

<div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span>return @return_data;</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span></div><div>}</div></div><div><br></div><div><br>

</div>