
<HTML>

<HEAD>

<TITLE>ribosomal rna annotations in human grch37</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<FONT FACE="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:11pt'>Hi All<BR>

<BR>

I was just wondering about Ribosomal RNA 28S and 18S annotations in Ensembl v60 (v59 as well) for human genome.<BR>

<BR>

For 28S rRNA, ensembl gene ID is ENSG00000226958. My concern is why this gene is labeled as processed pseudogene and not a rRNA gene?<BR>

Second concern is that NCBI refseq (ID NR_003287) corresponding to 28S rRNA is 5070 bp long but the transcript of the gene annotated as 28s rRNA in ensembl ( ENSG00000226958) has a length of some 432 bp.<BR>

<BR>

However, searching for NR_003287 in the ensembl, it returns  </SPAN></FONT><FONT SIZE="2"><FONT FACE="Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:10pt'>GL000220.1</SPAN></FONT></FONT><FONT FACE="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:10.5pt'>  as the perfect match over the entire length with lots of miRNA annotated in the contig, a 5.8S subunit annotated but not the 28S rRNA.<BR>

<BR>

Can somebody please explain me this discrepancy?<BR>

<BR>

Any help is greatly appreciated.<BR>

<BR>

Thanking you<BR>

<BR>

Regards<BR>

<BR>

-- <BR>

</SPAN><SPAN STYLE='font-size:12pt'>Hardip R. Patel<BR>

</SPAN><SPAN STYLE='font-size:11pt'>Bioinformatician, Molecular Genetics Division,<BR>

Victor Chang Cardiac Research Institute,<BR>

Darlinghurst, NSW – 2010, Australia<BR>

(W): +61 – 2 – 9295 8611<BR>

(M): 0449 180 715<BR>

<BR>

</SPAN></FONT>

</BODY>

</HTML>