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<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Hi all, <o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p> </o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>One of our users has pointed out a probeset (affy utr
format) that seems to be retrieving some unexpected annotation info via the
FuncGen array mapping environment.<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p> </o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>The probeset annotates to </span></font><a
name=ENSG00000140853><b><span style='font-weight:bold'>ENSG00000140853</span></b></a><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>  but only
seems to return probe features for four probes i.e. the end result says 4/11
probes align.  However when I look at the alignment manually using Ensembl or
NCBI it looks like all probes align.  <o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p> </o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>To try and ensure that my scripts aren’t doing anything
funny, I set up a quick test like this:<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p> </o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>my @probes = @{$probeset->get_all_Probes};<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p> </o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>        foreach my $probe (@probes) {<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>                my @probefeatures =
@{$probe->get_all_ProbeFeatures()};<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>                foreach my $feature(@probefeatures) {<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>                        print
$feature->probe_id."\n";<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>                }<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>        }<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p> </o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>And sure enough only 4 probe IDs are returned.<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p> </o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>The probes look like this:<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p> </o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>>probe:ADXBRCv2a520413:BRRS.12588_at:1019:477;
Interrogation_Position=313; Antisense;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>CCTGCCCTGGAAGTAATCTTGCTGT<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>>probe:ADXBRCv2a520413:BRRS.12588_at:852:123;
Interrogation_Position=324; Antisense;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>AGTAATCTTGCTGTCCTGGAATCTC<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>>probe:ADXBRCv2a520413:BRRS.12588_at:665:993;
Interrogation_Position=329; Antisense;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>TCTTGCTGTCCTGGAATCTCCTCGG<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>>probe:ADXBRCv2a520413:BRRS.12588_at:295:809;
Interrogation_Position=353; Antisense;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>GGGATGAGGCAGCTGCCGAGCTGGC<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>>probe:ADXBRCv2a520413:BRRS.12588_at:921:949;
Interrogation_Position=383; Antisense;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>TGCTGCCGAAGATGGGCCGGCTGAA<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>>probe:ADXBRCv2a520413:BRRS.12588_at:1130:813;
Interrogation_Position=478; Antisense;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>GGGTCTAGCATCCAAGTCATCCGCC<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>>probe:ADXBRCv2a520413:BRRS.12588_at:411:539;
Interrogation_Position=485; Antisense;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>GCATCCAAGTCATCCGCCTCTGGAA<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>>probe:ADXBRCv2a520413:BRRS.12588_at:94:315;
Interrogation_Position=491; Antisense;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>AAGTCATCCGCCTCTGGAATAACCC<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>>probe:ADXBRCv2a520413:BRRS.12588_at:307:341;
Interrogation_Position=508; Antisense;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>AATAACCCCATTCCCTGCGACATGG<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>>probe:ADXBRCv2a520413:BRRS.12588_at:553:511;
Interrogation_Position=524; Antisense;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>GCGACATGGCCCAGCACCTGAAGAG<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>>probe:ADXBRCv2a520413:BRRS.12588_at:1099:419;
Interrogation_Position=567; Antisense;<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>CTTTGCCTTCTTTGACAACCAGCCC<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p> </o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p> </o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Can anyone suggest what might be happening?<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p> </o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Best, <o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p> </o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Gavin<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p> </o:p></span></font></p>

</div>

<!--[object_id=#almacgroup.com#]--><FONT face=Tahoma size=2>
<P class=MsoNormal><STRONG><B><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: blue"><FONT face="Times New Roman">  </FONT></P>
<P class=MsoNormal><FONT color=#000000><SPAN lang=EN-GB style="FONT-FAMILY: 'Times New Roman'">The contents of this message and any attachments to it are confidential and may be legally privileged. If you have received this message in error, you should delete it from your system immediately and advise the sender.<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></SPAN></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang=EN-GB style="COLOR: black; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'"><o:p> </o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="mso-layout-grid-align: none"><FONT color=#0000ff><SPAN lang=EN-GB style="COLOR: black; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'">Almac Group (UK) Limited, registered no. NI061368.<SPAN style="mso-spacerun: yes">  </SPAN>Almac Sciences Limited, registered no. NI041550.<SPAN style="mso-spacerun: yes">  </SPAN>Almac Discovery Limited, registered no. NI046249. <SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>Almac Pharma Services Limited, registered no. NI045055.<SPAN style="mso-spacerun: yes">  </SPAN>Almac Clinical Services Limited, registered no. NI041905.<SPAN style="mso-spacerun: yes">  </SPAN>Almac Clinical Technologies Limited, registered no. NI061202. <SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN>Almac Diagnostics Limited, registered no. NI043067.<SPAN style="mso-spacerun: yes">  </SPAN>All preceding companies are registered in <?xml:namespace prefix = st1 ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" /><st1:country-region w:st="on">Northern Ireland</st1:country-region> with a registered office address of Almac House, 20 Seagoe Industrial Estate, <st1:place w:st="on"><st1:City w:st="on">Craigavon</st1:City>, <st1:PostalCode w:st="on">BT63 5QD</st1:PostalCode>, <st1:country-region w:st="on">UK</st1:country-region></st1:place>. <SPAN style="mso-spacerun: yes"> </SPAN><o:p></o:p></SPAN></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang=EN-GB style="COLOR: black; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'"><o:p> </o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang=EN-GB style="COLOR: black; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'">Almac Sciences (<st1:country-region w:st="on">Scotland</st1:country-region>) Limited, registered in <st1:country-region w:st="on"><st1:place w:st="on">Scotland</st1:place></st1:country-region> no. SC154034. <o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang=EN-GB style="COLOR: black; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'"><o:p> </o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="mso-layout-grid-align: none"><SPAN lang=EN-GB style="COLOR: black; FONT-FAMILY: 'Times New Roman'">Almac Clinical Services LLC, Almac Clinical Technologies LLC, Almac Diagnostics LLC, Almac Pharma Services LLC and Almac Sciences LLC are Delaware limited liability companies and Almac Group Incorporated is a Delaware Corporation.  More information on the Almac Group can be found on the Almac website: <A href="http://www.almacgroup.com">www.almacgroup.com</A><o:p></o:p></SPAN></P></SPAN></B></STRONG></FONT></body>

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