Hi,<div><br></div><div>Just to add to this, you can find the order of precedence we use in the hash towards the top of the module Bio::EnsEMBL::Variation::ConsequenceType.</div><div><br></div><div>You can import this hash into any scripts you are writing to order your consequences. You can also call display_consequence() on any variation feature object to retrieve the most severe consequence type.</div>
<div><br></div><div>Cheers</div><div><br></div><div>Will<br><br><div class="gmail_quote">On 24 January 2011 10:18, Andrea Edwards <span dir="ltr"><<a href="mailto:edwardsa@cs.man.ac.uk">edwardsa@cs.man.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Hi<br>
<br>
You replied at the same time as me :)<br>
<br>
I was simply trying to look for the 'worst consequence' in the snp_effect_predictor script to try and mimic the results you could get from the api with this script. I wasn't trying to find it for any biological reason - just to get parity between the 2. Though of course if the perl api has employed some logic on the list of possible consequences for the transcript in the context of that transcript, i didn't want to lose that possible enrichment of my data by switching to the snp_effect_predictor. Naturally you look at the consequences in more detail manually but, with the number of SNPs in a data set, i considered any hints in the right direction from a value-added integrator such as ensembl with lots of knowledge at its fingertips to be worth keeping hold of.<br>

<br>
Cheers<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
On 24/01/2011 09:55, Fiona Cunningham wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  Hello Andrea,<br>
<br>
You should really be considering the consequence of the particular<br>
variant  for each transcript that it falls in. This is the correct<br>
thing to do from a biological point of view and this is what the<br>
variant effect predictor does.<br>
For display purposes on the region in detail page only, as we display<br>
of SNPs track that is independent of the transcripts but you should<br>
take the transcript in to consideration when calculating your<br>
consequences. we have internally produced a ranking of consequence so<br>
that the "worst" consequence is used to colour code of variants on<br>
this page but this really is only for display purposes only as an<br>
indication, and has not been independently scientifically verified.<br>
There is no such thing as an "main consequence".<br>
<br>
Best regards,<br>
<br>
Fiona<br>
<br>
------------------------------------------------------<br>
Fiona Cunningham<br>
Ensembl Variation Project Leader, EBI<br>
<a href="http://www.ensembl.org" target="_blank">www.ensembl.org</a><br>
<a href="http://www.lrg-sequence.org" target="_blank">www.lrg-sequence.org</a><br>
t: 01223 494612 || e: <a href="mailto:fiona@ebi.ac.uk" target="_blank">fiona@ebi.ac.uk</a><br>
<br>
<br>
<br>
On 23 January 2011 20:01, Andrea Edwards<<a href="mailto:edwardsa@cs.man.ac.uk" target="_blank">edwardsa@cs.man.ac.uk</a>>  wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hello<br>
<br>
What are the rules that ensembl uses to determine the display_consequence of<br>
a SNP from all of its possible consequences?<br>
<br>
As an example I am looking at a SNP whose main consequence<br>
(display_consequence) = 3PRIME_UTR and all consequences (consequence_type)<br>
are given as NMD_TRANSCRIPT, 3PRIME_UTR<br>
<br>
Is there a list or ranking you use for consequences to say that 3PRIME_UTR<br>
is more important than NMD_TRANSCRIPT?<br>
<br>
Will the main consequence always be last in the list of the consequence_type<br>
property?<br>
<br>
One reason I ask is because I am trying to apply the same consequence<br>
ranking to the results returned by the snp_effect_predictor script. That<br>
script returns one row/line for every consequence in the consequence_type<br>
field and the order of the consequences in the rows returns seems to be the<br>
same as the order of the consequences in the consequence_type property. If<br>
the display_consequence is always last in the list then i can assume the<br>
last row returned for a transcript variant is the 'main consequence'<br>
<br>
thanks<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list<br>
<a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
<a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
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</blockquote></blockquote>
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Dev mailing list<br>
<a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
<a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
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