Hi Gavin,<div><br></div><div>You will need a transcript mapper object:</div><div><br></div><div>my $tm = $transcript->get_TranscriptMapper;</div><div><br></div><div>my @coords = $tm->genomic2cdna($start, $end, $strand);</div>
<div><br></div><div>This returns a list of Bio::EnsEMBL::Mapper::Coordinate and <meta charset="utf-8">Bio::EnsEMBL::Mapper::Gap objects.</div><div><br></div><div>Cheers</div><div><br></div><div>Will<br><br><div class="gmail_quote">
On 26 January 2011 12:46, Oliver, Gavin <span dir="ltr"><<a href="mailto:gavin.oliver@almacgroup.com">gavin.oliver@almacgroup.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">









<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">

<div>

<p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Arial">Hi, </span></font></p>

<p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Arial"> </span></font></p>

<p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Arial">I’m guessing the answer will be transfer or transform
but can someone advise on the fastest way to convert feature start/end
coordinates from genomic to transcript-based?  I don’t want to mistakenly
do it in an unnecessarily time/resource-consuming manner.</span></font></p>

<p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Arial"> </span></font></p>

<p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Arial">Best, </span></font></p>

<p class="MsoNormal"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Arial"> </span></font></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height:150%"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt;line-height:150%;font-family:Arial">Gavin</span></font></p>

<p class="MsoNormal"><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size:12.0pt"> </span></font></p>

</div>

<font face="Tahoma" size="2">
<p class="MsoNormal"><strong><b><span style="font-size:12pt;color:blue"><font face="Times New Roman">  </font></span></b></strong></p>
<p class="MsoNormal"><font color="#000000"><span lang="EN-GB" style="font-family:'Times New Roman'">The contents of this message and any attachments to it are confidential and may be legally privileged. If you have received this message in error, you should delete it from your system immediately and advise the sender.</span></font></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="color:black;font-family:'Times New Roman'"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><font color="#0000ff"><span lang="EN-GB" style="color:black;font-family:'Times New Roman'">Almac Group (UK) Limited, registered no. NI061368.<span>  </span>Almac Sciences Limited, registered no. NI041550.<span>  </span>Almac Discovery Limited, registered no. NI046249. <span> </span>Almac Pharma Services Limited, registered no. NI045055.<span>  </span>Almac Clinical Services Limited, registered no. NI041905.<span>  </span>Almac Clinical Technologies Limited, registered no. NI061202. <span> </span>Almac Diagnostics Limited, registered no. NI043067.<span>  </span>All preceding companies are registered in Northern Ireland with a registered office address of Almac House, 20 Seagoe Industrial Estate, Craigavon, BT63 5QD, UK. <span> </span></span></font></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="color:black;font-family:'Times New Roman'"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="color:black;font-family:'Times New Roman'">Almac Sciences (Scotland) Limited, registered in Scotland no. SC154034. </span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="color:black;font-family:'Times New Roman'"> </span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="color:black;font-family:'Times New Roman'">Almac Clinical Services LLC, Almac Clinical Technologies LLC, Almac Diagnostics LLC, Almac Pharma Services LLC and Almac Sciences LLC are Delaware limited liability companies and Almac Group Incorporated is a Delaware Corporation.  More information on the Almac Group can be found on the Almac website: <a href="http://www.almacgroup.com" target="_blank">www.almacgroup.com</a></span></p>
</font></div>


<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list<br>
<a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
<a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>