<meta charset="utf-8"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; "><div>### just re-posting this to dev as the list didn't like the message getting too long ###</div>
<div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; "><br>
</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; "><br></span></div>A variation is defined by its alleles and a pair of flanking sequence, e.g.:<div>
<br></div><div>ATCGTACTGTACGTGTTTATCG [A/G] TGACTTACTATCGTATGACTT</div><div><br></div><div>dbSNP (or in some cases Ensembl) use sequence alignment algorithms to map this sequence to the genomic reference sequence. If it maps to the reverse strand, we create a variation_feature on the reverse strand. In some cases the sequence may map more than once, hence a variation object can have multiple associated variation_feature objects. This is easier to see on the web views:</div>
<div><br></div><div><a href="http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Summary?v=rs78197743;vdb=variation" target="_blank" style="color: rgb(7, 77, 143); ">http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Summary?v=rs78197743;vdb=variation</a></div>
<div><br></div><div>As I mentioned, it makes our lives easier if most things are on the forward strand, so we "flip" as many of these reverse strand mappings as we can. We only do this when a variation has a single mapping to the reverse strand.</div>
<div><br></div><div><font color="#888888">Will</font><div><div><span id="q_12de74aa5e669d27_2" class="h4" style="cursor: pointer; color: rgb(80, 0, 80); font-size: 9px; ">- Hide quoted text -</span></div><div class="im" style="color: rgb(80, 0, 80); ">
<br><br><div class="gmail_quote">On 2 February 2011 16:17, Oliver, Gavin <span dir="ltr"><<a href="mailto:gavin.oliver@almacgroup.com" target="_blank" style="color: rgb(7, 77, 143); ">gavin.oliver@almacgroup.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex; ">
<div lang="EN-US" link="blue" vlink="blue"><div><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy; ">Cool, thanks.</span></font></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy; "> </span></font></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy; ">What determines the strand it goes on?</span></font></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font size="2" color="navy" face="Arial"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy; "> </span></font></p>
<div><div class="MsoNormal" align="center" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; text-align: center; "><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt; "><hr size="2" width="100%" align="center">
</span></font></div><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><b><font size="2" face="Tahoma"><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma; font-weight: bold; ">From:</span></font></b><font size="2" face="Tahoma"><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma; "> <a href="mailto:wmclaren@gmail.com" target="_blank" style="color: rgb(7, 77, 143); ">wmclaren@gmail.com</a> [mailto:<a href="mailto:wmclaren@gmail.com" target="_blank" style="color: rgb(7, 77, 143); ">wmclaren@gmail.com</a>] <b><span style="font-weight: bold; ">On Behalf Of </span></b>Will McLaren<br>
<b><span style="font-weight: bold; ">Sent:</span></b> 02 February 2011 16:15</span></font></p><div><font size="2" face="Tahoma"><br><b><span style="font-weight: bold; ">To:</span></b> Oliver, Gavin<br><b><span style="font-weight: bold; ">Cc:</span></b> Graham Ritchie; <a href="mailto:dev@ensembl.org" target="_blank" style="color: rgb(7, 77, 143); ">dev@ensembl.org</a><br>
</font></div><font size="2" face="Tahoma"><b><span style="font-weight: bold; ">Subject:</span></b> Re: [SPAM] - Re: [SPAM] - Re: [SPAM] - Re: [ensembl-dev] Transcript variation alleles - Email found in subject - Email found in subject - Email found in subject</font><p>
</p></div><div><div></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt; "> </span></font></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt; ">variation_feature objects have a strand just like all features in Ensembl - most are on the forward strand (as this makes our life easier!) but many are also on the reverse strand.</span></font></p>
<div><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt; "> </span></font></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">
<font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt; ">As I mentioned earlier, you can check this using:</span></font></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">
<font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt; "> </span></font></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt; ">$vf->seq_region_strand</span></font></p>
</div><div><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt; "> </span></font></p></div><div><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 12pt; margin-left: 0px; ">
<font size="3" face="Times New Roman"><span style="font-size: 12pt; ">which will return a value of 1 (forward) or -1 (reverse).</span></font></p></div></div></div></div></div></blockquote></div></div></div></div></span>