Hello,<div><br></div><div>I think there are some crossed wires here - validation_status is a property of a variation supplied to us by dbSNP.</div><div><br></div><div>Their descriptions are here:</div><div><br></div><div><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_legend.cgi?legend=validation">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_legend.cgi?legend=validation</a><br>
<br>The pictures are, in order:</div><div><br></div><div>cluster</div><div>freq</div><div>submitter</div><div>doublehit</div><div>hapmap</div><div>1000Genome</div><div><br></div><div>Will<br><br><div class="gmail_quote">On 4 February 2011 14:14, Andrea Edwards <span dir="ltr"><<a href="mailto:edwardsa@cs.man.ac.uk">edwardsa@cs.man.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

  
    
  
  <div text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    <br>
    
    Gavin<br>
    <br>
    I believe the validatation statuses are just pass and fail <br>
    <br>
    If you query the variation schema directly you can find the reasons
    for failure when a variation is imported from say dbSNP<br>
    <br>
    mysql> select description from failed_description;<br>
    +--------------------------------------------------------+<br>
    | description                                            |<br>
    +--------------------------------------------------------+<br>
    | Variation maps to more than 3 different locations      |<br>
    | None of the variant alleles match the reference allele |<br>
    | Variation has more than 3 different alleles            |<br>
    | Loci with no observed variant alleles in dbSNP         |<br>
    | Variation does not map to the genome                   |<br>
    | Variation has no associated sequence                   |<br>
    +--------------------------------------------------------+<br>
    6 rows in set (0.06 sec)<br>
    <br>
    As will has said, they map all variants to the positive strand and
    make sure at least one of the variant alleles exists at the base
    position in the forward strand. If this failed you would get the
    error 'None of the variant alleles match the reference allele.' I
    think the others are fairly self explanatory though i'm not sure how
    a variant could have no associated sequence if it was imported from
    dbSNP<br>
    <span style="font-size:12pt"><br>
      <br>
    </span><br>
    <br>
    <br>
    <br>
    On 02/02/2011 15:20, Oliver, Gavin wrote:
    <blockquote type="cite">
      <pre>Thanks Graham - 

Can you also tell me where to find information on the meaning of the
possible validation statuses?



-----Original Message-----
From: Graham Ritchie [<a href="mailto:grsr@ebi.ac.uk" target="_blank">mailto:grsr@ebi.ac.uk</a>] 
Sent: 02 February 2011 15:12
To: Oliver, Gavin
Cc: <a href="mailto:dev@ensembl.org" target="_blank">dev@ensembl.org</a>
Subject: [SPAM] - Re: [ensembl-dev] Transcript variation alleles - Email
found in subject

Hi Gavin,

The alleles of a transcript variation always represent the genomic base
change.

Cheers,

Graham

Ensembl variation


On 2 Feb 2011, at 15:02, Oliver, Gavin wrote:

</pre>
      <blockquote type="cite">
        <pre>Hi,
 
When I pull transcript variation alleles via the API, does the allele
</pre>
      </blockquote>
      <pre>shown (e.g. A/T) represent the genomic base change, or the
transcriptomic one?
</pre>
      <blockquote type="cite">
        <pre> 
Gavin
 
 
The contents of this message and any attachments to it are
</pre>
      </blockquote>
      <pre>confidential and may be legally privileged. If you have received this
message in error, you should delete it from your system immediately and
advise the sender.
</pre>
      <blockquote type="cite">
        <pre> 
Almac Group (UK) Limited, registered no. NI061368.  Almac Sciences
</pre>
      </blockquote>
      <pre>Limited, registered no. NI041550. Almac Discovery Limited, registered
no. NI046249.  Almac Pharma Services Limited, registered no. NI045055.
Almac Clinical Services Limited, registered no. NI041905.  Almac
Clinical Technologies Limited, registered no. NI061202.  Almac
Diagnostics Limited, registered no. NI043067.  All preceding companies
are registered in Northern Ireland with a registered office address of
Almac House, 20 Seagoe Industrial Estate, Craigavon, BT63 5QD, UK.  
</pre>
      <blockquote type="cite">
        <pre> 
Almac Sciences (Scotland) Limited, registered in Scotland no.
</pre>
      </blockquote>
      <pre>SC154034.
</pre>
      <blockquote type="cite">
        <pre> 
Almac Clinical Services LLC, Almac Clinical Technologies LLC, Almac
</pre>
      </blockquote>
      <pre>Diagnostics LLC, Almac Pharma Services LLC and Almac Sciences LLC are
Delaware limited liability companies and Almac Group Incorporated is a
Delaware Corporation.  More information on the Almac Group can be found
on the Almac website: <a href="http://www.almacgroup.com" target="_blank">www.almacgroup.com</a>
</pre>
      <blockquote type="cite">
        <pre>_______________________________________________
Dev mailing list
<a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a>
<a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a>
</pre>
      </blockquote>
      <pre>mailman/listinfo/dev


_______________________________________________
Dev mailing list
<a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a>
<a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list<br>
<a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
<a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>