<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    Hi Steve<br>
    <br>
    Thanks for getting back. You are right, the biomart site is alright
    now. But still have issues with mysql server.<br>
    <br>
    xxx@xxx-vm:~$ mysql -uanonymous -hmartdb.ensembl.org -P5316<br>
    Welcome to the MySQL monitor.  Commands end with ; or \g.<br>
    Your MySQL connection id is 85312<br>
    Server version: 5.1.34 Source distribution<br>
    <br>
    Type 'help;' or '\h' for help. Type '\c' to clear the buffer.<br>
    <br>
    mysql> use vega_mart_61;<br>
    Reading table information for completion of table and column names<br>
    You can turn off this feature to get a quicker startup with -A<br>
    <br>
    Database changed<br>
    mysql> use ensembl_mart_61;<br>
    Reading table information for completion of table and column names<br>
    You can turn off this feature to get a quicker startup with -A<br>
    <br>
    ===<br>
    I have waited here for more than 10 minutes, still it doesn't
    switch. vega_mart_61 seems to be fine, but not able to use
    ensembl_mart_61.<br>
    <br>
    Not sure if it has to do with my vms memory. Anyway, I can still go
    ahead with the biomart service.<br>
    <br>
    Thanks<br>
    Prem<br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <br>
    On 21/02/11 23:32, steve trevanion wrote:
    <blockquote cite="mid:4D62F5F8.8080206@sanger.ac.uk" type="cite">
      <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
        http-equiv="Content-Type">
      Hi Prem,<br>
      <br>
      Ensembl does not maintain the biomart website, please see <a
        moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext"
        href="http://www.biomart.org/contact.html">http://www.biomart.org/contact.html</a>.
      However their site does now appear to be OK<br>
      <br>
      We do maintain martdb.ensembl.org and that is responding fine for
      me. We have not had any other reports of problems, can you confirm
      you are using port 5316 ?<br>
      <br>
      Regards,<br>
      <br>
      Steve<br>
      <br>
      On 21/02/2011 17:35, Premanand Achuthan wrote:
      <blockquote cite="mid:4D62A259.2000003@cimr.cam.ac.uk" type="cite">
        <meta http-equiv="content-type" content="text/html;
          charset=ISO-8859-1">
        Hi All<br>
        <br>
        I have been trying to use biomart (<a moz-do-not-send="true"
          href="http://www.biomart.org/biomart/martview/">http://www.biomart.org/biomart/martview/</a>)
        since afternoon, and I keep getting the following message <br>
        '<span class="Apple-style-span" style="border-collapse:
          separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'Times New Roman';
          font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal;
          letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2;
          text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal;
          widows: 2; word-spacing: 0px; font-size: medium;"><span
            class="Apple-style-span" style="font-family: sans-serif;">Serious


            Error: Could not connect to mysql database ensembl_mart_61:
            DBI
            connect('database=ensembl_mart_61;host=dcc-qa-db.oicr.on.ca;port=3306','bm_web',...)


            failed: Can't connect to MySQL server on
            'dcc-qa-db.oicr.on.ca' (113) at
            /srv/biomart_server/biomart.org/biomart-perl/lib/BioMart/Configuration/DBLocation.pm


            line 98'<br>
            <br>
            Also not able to connect to </span></span>martdb.ensembl.org.ensembl_mart_61


        through mysql client.<br>
        <br>
        Anybody having similar issues?<br>
        <br>
        Thanks<br>
        Prem<br>
        <br>
        <br>
        <pre wrap=""><fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
Dev mailing list
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a>
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a>
</pre>
      </blockquote>
      <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
Dev mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>