Hi!<br><br>I used online variant effect predictor for variant analysis and downloaded results, then i also used variant effect predictor perl script API from my pc providing vcf file and i got the result.<br>But when i compare both results i find many variants (skipped in one file and present in other file) are not common in files, i think they should be there.<br>
My vcf file did contain 1758 variants (rows) but using perl script API version applying -w mode only gave annotation for 1053 variants.<br>Why this differences are there?<br><br>Thanks.<br clear="all"><br>-- <br>Ketan Padiya<div>
Research Fellow<br>Anand Veterinary College<br>Gujarat<br>India.<br>+91 9428969448</div><div style="display: inline;"></div><br>
<br><div id="WISESTAMP_SIG_8375"></div>