Hi Remo,<div><br></div><div>Excellent thank you! I've updated my script accordingly and added it to my github here <a href="https://github.com/gawbul/bio-misc/blob/master/get_ensembl.pl">https://github.com/gawbul/bio-misc/blob/master/get_ensembl.pl</a>! Any input on improvements should be greatly appreciated.<br>
<br></div><div>Cheers,</div><div><br>Steve</div><div><br><div class="gmail_quote">On 23 February 2011 12:00,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:dev-request@ensembl.org">dev-request@ensembl.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Message: 5<br>
Date: Wed, 23 Feb 2011 11:17:52 +0100<br>
From: Remo Sanges <<a href="mailto:noncoding@gmail.com">noncoding@gmail.com</a>><br>
Subject: Re: [ensembl-dev] Local MySQL install...<br>
To: Steve Moss <<a href="mailto:S.P.Moss@2007.hull.ac.uk">S.P.Moss@2007.hull.ac.uk</a>><br>
Cc: <a href="mailto:dev@ensembl.org">dev@ensembl.org</a><br>
Message-ID: <<a href="mailto:4D64DED0.3050201@gmail.com">4D64DED0.3050201@gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
Dear Steve,<br>
<br>
in order to use all the functionalities of the compara API you need access to an ensembl_compara_XX database as well as to all the core databases of the species you are working on.<br>
<br>
Maybe a bit OT but it would be great if you could share your script....<br>
<br>
Cheers<br>
<br>
ERemo<br>
<br>
<br>
On 02/18/2011 09:59 AM, Steve Moss wrote:<br>
> Dear all,<br>
><br>
> I have created a Perl script that automatically retrieves all the databases (currently just for core) from the <a href="http://ftp.ensembl.org/pub/current_mysql" target="_blank">ftp.ensembl.org/pub/current_mysql</a> <<a href="http://ftp.ensembl.org/pub/current_mysql" target="_blank">http://ftp.ensembl.org/pub/current_mysql</a>> site directory, extracts them and inserts them into a local MySQL database. I am doing lots of parallel runs retrieving data and thought it would be both more time effective for me, as well as limiting the number of connections made to your MySQL servers.<br>

><br>
> I am using the Core and Compara APIs and my question is, what databases will I need to use all the functionality of both the Core and Compara APIs? I assume just the core databases for Core, but would I need any others, for example when using the HomologyAdaptor and SytentyAdaptor in Compara?<br>

><br>
> Cheers,<br>
><br>
> Steve<br>
<br>
--<br>
Remo Sanges - Ph.D.<br>
Bioinformatics - Animal Physiology and Evolution<br>
Stazione Zoologica Anton Dohrn<br>
Villa Comunale I, 80121 Napoli - Italy<br>
+39 081 5833428<br>
</blockquote></div><br>-- <br><div>Kindest regards,<br><br>Steve Moss, BSc (Hons)<br>------------------------------------<br>PhD Student<br><div><font size="2" color="#000000">Evolutionary Biology Group<br>Department of Biological Sciences</font></div>
<div><font size="2"><font><font color="#000000">University of Hull<br>Cottingham Road<br></font><font color="#000000">Hull, HU6 7RX</font></font></font></div>Evolution site: <a href="http://goo.gl/7ZReN" target="_blank">http://goo.gl/7ZReN</a></div>
<div><a href="http://www2.hull.ac.uk/science/biological_sciences/research/evolutionary_biology.aspx" target="_blank"></a>Work site: <a href="http://goo.gl/LzGQo" target="_blank">http://goo.gl/LzGQo</a></div><div>Personal site: <a href="http://stevemoss.ath.cx/" target="_blank">http://stevemoss.ath.cx/</a></div>
<br>
</div>