
<HTML>

<HEAD>

<TITLE>genomic2pep and pep2genomic</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<FONT FACE="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:11pt'>Hi All<BR>

<BR>

I am trying to identify the codon triplet in which a single nucleotide genomic position is involved in.<BR>

<BR>

Rephrased more elaborately, <BR>

<BR>

I have genomic loci chr1:11863085:11863085:-1 (chr start end and strand).<BR>

This loci is overlapping with transcript ID: ENST00000413656.<BR>

The loci is in the protein-coding (CDS) region of the transcript/cDNA.<BR>

<BR>

Therefore I first call transcript object by stable id using the transcript adaptor.<BR>

Then I identify the peptide co-ordinates for the genomic loci by calling transcriptmapper.<BR>

Once I get the peptide coordinate, I get the genomic coordinates for that peptide.<BR>

<BR>

Below is the script to do so.<BR>

<BR>

my $transcript_adaptor = $reg->get_adaptor("Human", "Core", "Transcript");<BR>

my $slice_adaptor = $reg->get_adaptor("Human", "Core", "Slice");<BR>

my $transcriptObject = $transcript_adaptor->fetch_by_stable_id("ENST00000413656");<BR>

my $transcriptMapper = $transcriptObject->get_TranscriptMapper();<BR>

my @pepCoords = $transcriptMapper->genomic2pep(11863085, 11863085, -1);<BR>

foreach my $pepinfo (@pepCoords){<BR>

  my @pep2genomic = $transcriptMapper->pep2genomic($pepinfo->start, $pepinfo->end);<BR>

  print "Peptide = ". $pepinfo->start."\t". $pepinfo->end."\t". $pepinfo->id."\t". $pepinfo->length."\t". $pepinfo->strand."\n";<BR>

  foreach my $gc (@pep2genomic){<BR>

    my $codonSlice = $slice_adaptor->fetch_by_region("toplevel", 1 , $gc->start, $gc->end, $gc->strand);<BR>

    print "Genomic = ".$gc->start."\t".$gc->end."\t".$gc->id."\t".$gc->length."\t".$gc->strand."\t".$codonSlice->seq."\n";<BR>

  }<BR>

}<BR>

<BR>

However, normally a peptide should represent three nucleotides, but I am getting a two nucleotide codon (TC) for this position and my script dies with following error message<BR>

<BR>

Can't locate object method "id" via package "Bio::EnsEMBL::Mapper::Gap".<BR>

<BR>

Could somebody please explain me what these gaps are? And also, how to overcome this issue of two/one nucleotide codons.<BR>

<BR>

Any help is greatly appreciated<BR>

<BR>

Thanking you<BR>

<BR>

Hardip<BR>

</SPAN></FONT>

</BODY>

</HTML>