Hi Reece,<br>

<br>

I have considered using both Postgres and Oracle in the past and here's my 2 cents (someone can correct me if I am wrong) -<br>Some of the Ensembl API modules construct the SQL statements in a MySQL specific manner and would require changes to make it work with PostgreSQL.<br>

<br>
For example, the table JOIN syntax in the Ensembl API makes use of MySQL's extension to the SQL standard (list of tables in parentheses), like in Bio::EnsEMBL::DBSQL::DBEntryAdaptor<br>SELECT  xref.xref_id,<br>            xref.dbprimary_acc,<br>
            xref.display_label,<br>            xref.version,<br>            exDB.dbprimary_acc_linkable,<br>            exDB.display_label_linkable,<br>            exDB.priority,<br>            exDB.db_name,<br>            exDB.db_display_name,<br>
            exDB.db_release,<br>            es.synonym,<br>            xref.info_type,<br>            xref.info_text,<br>            exDB.type,<br>            exDB.secondary_db_name,<br>            exDB.secondary_db_table,<br>
            xref.description<br>    FROM    (xref, external_db exDB)<br>    LEFT JOIN external_synonym es ON<br>            es.xref_id = xref.xref_id<br>    WHERE   xref.xref_id = ?<br>    AND     xref.external_db_id = exDB.external_db_id<br>
<br>which I think is not supported in PostgreSQL.<br><br>This was atleast true in ensembl-59 but the code might have changed since then.<br>I have also noticed that the build scripts and utility tools that are part of Ensembl code have been optimized for MySQL and would require substantial effort to port to Postgres.<br>
<br>-Kiran<br><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 9, 2011 at 1:31 AM, Glenn Proctor <span dir="ltr"><<a href="mailto:glenn@ebi.ac.uk" target="_blank">glenn@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">We've not done it in-house, but I would be very interested to hear<br>
what experiences you have with using Postgres as a backend to Ensembl.<br>
<br>
Although we use MySQL, I would prefer Ensembl to be as<br>
database-agnostic as possible, at least at the API level. If there are<br>
things that we can change to make this easier I'd be happy to consider<br>
them.<br>
<br>
Glenn.<br>
<div><div></div><div><br>
<br>
On Wed, Mar 9, 2011 at 4:36 AM, Reece Hart <<a href="mailto:reece@harts.net" target="_blank">reece@harts.net</a>> wrote:<br>
> I'm considering trying to run Ensembl on PostgreSQL. Does anyone have<br>
> experience with this already? Is anyone else interested?<br>
> Thanks,<br>
> Reece<br>
><br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list<br>
> <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
><br>
><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list<br>
<a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
<a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
</blockquote></div><br>