<span style='font-family:Verdana'><span style='font-size:12px'><blockquote style="border-left: 1px solid #CCC; padding-left: 5px; margin-left: 5px; margin-bottom: 0px; margin-top: 0px; margin-right: 0px;" type="cite"> 
        <div> 
                <div> 
                        <pre style="white-space: pre-wrap; word-wrap: break-word; font-size:11;pre"> 
Hello, 

There is a problem defined below: 

---------------------------- Original Message ---------------------------- 
Subject: Re: [BioMart Users] Problem with Zebrafish Database 
From:    "Elena Rivkin" <Elena.Rivkin@oicr.on.ca> 
Date:    Fri, March 25, 2011 2:43 pm 
To:      "Gulhan Saracaydin" <saracaydin@ug.bilkent.edu.tr> 
         "users@biomart.org" <users@biomart.org> 
-------------------------------------------------------------------------- 

Gulhan, 
I have tried various queries - and yes, while I get no results from 
500,000-1,000,000bp, if I set the filters to for ex. 10,000,000-60,000,000 
I get 27 miRNA back. Which means that this is most likely related to the 
data and not the filters. 
In this case, I would recommend contacting Ensembl help desk, they are 
very good at helping with these kinds of questions. 

Good luck, 
Elena 

On 11-03-25 5:06 AM, "Gulhan Saracaydin" <saracaydin@ug.bilkent.edu.tr> 
wrote: 

> 
> 
>Hello BioMart developers, 
> 
>I have tried to generate a list of all Danio Rerio miRNA-coding genes that 
>are located on chromosome 3, between base-pairs 500,000-1,000,000. 
>However, I think there is a problem in Zebrafish database since I got the 
>miRNA-coding genes without any selection but when I select the region, I 
>got nothing. Also, I used miRBase to confirm that there are miRNAs in 
>Danio Rerio in selected region. 
> 
>I wonder whether there is a problem with Zebrafish Gene Database in 
>Ensembl and BioMart. If you give me an answer about this question, I would 
>be glad. 
> 
>Hoping to hear from you, 
> 
>Kind regards, 
> 
>Gulhan Saracaydin 
> 
> 
>_______________________________________________ 
>Users mailing list 
>Users@biomart.org 
>https://lists.biomart.org/mailman/listinfo/users</pre> 
                </div> 
        </div> 
</blockquote> 
<p style="margin:0px; padding:0px;" > 
         </p> 
</span></span>