<div class="gmail_quote">On Fri, Apr 8, 2011 at 4:51 AM, Oliver, Gavin <span dir="ltr"><<a href="mailto:gavin.oliver@almacgroup.com">gavin.oliver@almacgroup.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<p class="MsoNormal" style="line-height:150%"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt;line-height:150%;font-family:Arial">Hi all – is there
a quick way of checking if a transcript has a CCDS id associated with it?</span></font></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height:150%"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt;line-height:150%;font-family:Arial"> </span></font></p>

<p class="MsoNormal" style="line-height:150%"><font size="2" face="Arial"><span style="font-size:10.0pt;line-height:150%;font-family:Arial">i.e. without
cycling through all the xrefs</span></font></p>

<p class="MsoNormal"></p></blockquote></div><br><div>I didn't see an answer to your question on the list. </div><div><br></div><div>You should be able to do something like:</div><div>my (@ccds) = @{ $tx->get_all_DBLinks('CCDS') };</div>
<div>print "it has a CCDS\n" if @ccds;</div><div><br></div><div>$tx is a Bio::EnsEMBL::Transcript, of course.</div><div><br></div><div>-Reece</div><div><br></div>