Dear All,<div><br></div><div>I have been working with miRNA data lately and I have found something confusing:</div><div><a href="http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?g=ENSG00000129951;r=19:812518-821967" target="_blank">http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?g=ENSG00000129951;r=19:812518-821967</a></div>

<div><br></div><div>This miRNA gene has 7 transcripts and 5 of them are protein coding.</div><div>Moreover, it appears on the "reverse strand" but, according to miRBase, it is located on chr19:813584-813653 (+ strand):</div>

<div><a href="http://www.mirbase.org/cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI0014231" target="_blank">http://www.mirbase.org/cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI0014231</a></div><div><br></div><div>I have seach this miRNA in NCBI and they place it in the positive strand. Besides, they report a gene called LPPR3 (lipid phosphate phosphatase-related protein type 3) at the same position and with the same transcripts that we have seen in Ensembl.</div>

<div><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/79948" target="_blank">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/79948</a></div><div><br></div><div>I guess that Ensembl's annotation refers to LPPR3 gene instead of hsa-mir-3187.</div>
<div>Please, correct me if I am mistaken.</div>
<div><br></div><div>Kind regards,</div><div><br></div><div>Marta</div><div><br clear="all"><span style="border-collapse:collapse;font-family:arial, sans-serif"><font color="#666666"><span style="font-size:x-small">-----------------------------------------------------------<br>

</span></font><b><font color="#666666">Marta Bleda Latorre</font></b><font color="#666666"><span style="font-size:x-small"><br>Functional Genomics Unit<br>Bioinformatics and Genomics Department<br>Prince Felipe Research Centre (CIPF)<br>

</span></font><a href="http://bioinfo.cipf.es" target="_blank"><font color="#666666"><span style="font-size:x-small">http://bioinfo.cipf.es</span></font></a><font color="#666666"><span style="font-size:x-small"><br>-----------------------------------------------------------</span></font></span><br>


</div>