Hello<div><br></div><div>I have been looking at the source code for the variant predictor script and I have a question regarding a section of the code:</div><div><br></div><div>828 <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                      </span>else {<div>

829<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                                      </span>$ref = substr($ref, 1);</div><div>830<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                                   </span>$ref = '-' if $ref eq '';</div><div>

831<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                                      </span>$start++;</div><div>832<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                         </span></div><div>833<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                                  </span>foreach my $alt_allele(split /\,/, $alt) {</div>

<div>834<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                                           </span>$alt_allele = substr($alt_allele, 1);</div><div>835<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                                             </span>$alt_allele = '-' if $alt_allele eq '';</div>

<div>836<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                                           </span>push @alts, $alt_allele;</div><div>837<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                                  </span>}</div><div>838<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                         </span>}</div>

<div>839<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                           </span></div><div>840<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                  </span>$alt = join "/", @alts;</div><div><br></div><div>It does not make sense to me that you define $alt_allele as a substring  of $alt_allele in line 834</div>

<div><br></div><div>Indels can be bigger than 1 bp so why are you doing this?</div><div><br></div><div>You do the same for variations that have only 1 alternative allele (line 871): </div><div><br></div><div><div>868<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">               </span>else {</div>

<div>869<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                                   </span># chop off first base</div><div>870<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                                     </span>$ref = substr($ref, 1);</div><div>871<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                                   </span>$alt = substr($alt, 1);</div>

</div><div><br></div><div>Can you explain why this is necessary or indeed correct?</div><div><br></div><div>Best regards, </div><div><br></div><div>     Duarte Molha</div><div><br></div>=========================<br>     Duarte Miguel Paulo Molha<br>

         Tel: +447772111304<br>  Email: <a href="mailto:duartemolha@gmail.com">duartemolha@gmail.com</a><br>=========================<br>
</div>