Thanks Rhoda, the scripts worked without a hitch. <br><br>I appreciate the fast response and reliable help provided by the Ensembl teams!<br><br>-Kiran<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 20, 2011 at 12:50 AM, Rhoda Kinsella <span dir="ltr"><<a href="mailto:rhoda@ebi.ac.uk">rhoda@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi Kiran<br>
These columns are added as a post build patch as the martbuilder tool cannot calculate this data for us. Please find attached the scripts you need. This is what you need to do:<br>
<br>
                NB: Always make sure to do a cvs update on the ensembl<br>
                API before running the calculated data script.<br>
<br>
                Run the calculated data script like this:<br>
<br>
                ./<a href="http://calculated_data_patch.pl" target="_blank">calculated_data_patch.pl</a> -h host [-P port] [-u user] [-p pass] [-r release]<br>
<br>
                The SQL patches for the species are created in the<br>
                calculated_data directory.<br>
<br>
                To run these patches, modify the run_sql_files.ksh<br>
                script and add the host server and version of the<br>
                ensembl_mart database that you want to patch.<br>
<br>
                Then to run this script:<br>
<br>
                  ./run_sql_files.ksh calculated_data/*.sql<br>
<br>
The other option is to just download the table from our ftp site (<a href="ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-59/mysql/ensembl_mart_59/" target="_blank">ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-59/mysql/ensembl_mart_59/</a>)<br>

I hope that helps<br>
Regards<br><font color="#888888">
Rhoda<br>
<br>
</font><br> <br><br>
<br>
<br>
<br>
On 19 Apr 2011, at 22:20, Kiran Mukhyala wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hello,<br>
<br>
    I am having some problems with my local e59 based mart.<br>
The *exon_transcript__dm tables are missing some columns like five_prime_utr_start,  cdna_coding_start, cds_start etc. I used mart builder generated SQL to create my mart using the same schema transformation as Ensembl. I would either need the right sql to create and load the exon_transcript__dm table or the right mart builder XML file which would generate these columns.<br>

<br>
Thank you in advance.<br>
<br>
-Kiran<br>
<br>
<br>
</blockquote>
<br>
Rhoda Kinsella Ph.D.<br>
Ensembl Bioinformatician,<br>
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI),<br>
Wellcome Trust Genome Campus,<br>
Hinxton<br>
Cambridge CB10 1SD,<br>
UK.<br>
<br>
<br></blockquote></div><br>