Hi,<br><br>The Ensembl BioMart has a karyotype dataset and the gene dataset has the genes mapped to karyotype bands so you should be able to get what you need by querying those somehow.<br><br>Cheers<br>Damian<br><br><br><div class="gmail_quote">
On Wed, May 11, 2011 at 3:22 PM, ian Longden <span dir="ltr"><<a href="mailto:ianl@ebi.ac.uk">ianl@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
This data is stored in the Karyotype table in Ensembl. Biomart is gene<br>
centric so may not have this data as the karyotype data is based  on<br>
seq regions (chromosomes in this case)<br>
I am not an Biomart expert but i could not see anything obvious in martview.<br>
<font color="#888888"><br>
-Ian.<br>
</font><div><div></div><div class="h5"><br>
On Wed, May 11, 2011 at 3:13 PM, Beat Wolf <<a href="mailto:wolf@fryx.ch">wolf@fryx.ch</a>> wrote:<br>
> Hello,<br>
><br>
> i'm using ensembl in an application i'm writing. It's a java application and<br>
> for that reason i access the ensembl data trough BioMart.<br>
><br>
> Now my question. Ensembl has those chromosome ideograms that are shown on the<br>
> website. I would love to integrate such a ideogram in my application, but i<br>
> didn't find a way to access the needed data trough biomart. I'm a computer<br>
> scientist, so i might simply not know the right terminology for what i'm<br>
> searching for.<br>
><br>
> Thank you very much for your help<br>
><br>
> Beat Wolf<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>