Hi<div><br></div><div>I have modified your script VarianEffectpredictor to obtain some additional information when analyzing vcf files. </div><div>For that I obtain a splice of the region where a variation is and then do some analysis of the features in that region. </div>

<div>It works fine for all variations on regular chromosomes but it fails for haplotype sequences such as features that map to say GL000224.1.</div><div>When I create a slice for that region the slice object returns undef. However the variant effect predictor script is able to retrieve transcripts for those regions.</div>

<div><br></div><div>Can we work with these alternative regions in the same way as with correctly assembled HG19 chromosomes?</div><div><br></div><div>Best regards</div><div><br></div><div>Duarte</div><div><br></div>