Hi-<div><br></div><div><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; ">Does anyone know whether it would work to load NCBI exon structures directly into Ensembl?</span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; "></span><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; ">The goal is to use the Ensembl API to map between genome, transcript, and protein coordinates for variants specified using NCBI accessions. This requires exact NCBI exon structures.</span></div>
<div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; "></span><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; ">I'm hoping that populating the transcript, transcript_stable_id, exon, and exon_transcript tables with original NCBI data would suffice.</span></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 13px; ">As Kiran Mukhyala pointed out in a separate thread, the RefSeq sequence differs from the GRCh37 sequence in some cases. I am content with using RefSeq exon structures on GRCh37.</span></span></font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;">All code and advice is appreciated.</span></font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse;"><br></span></font></div><div><meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8">Thanks,</div>
<div>Reece</div>