Could someone also explain how RefSeq and CCDS are imported into the otherfeatures database. I'd like to know the source of the exon structures.<br><br>Thanks,<br>-Kiran<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, May 26, 2011 at 9:48 PM, Reece Hart <span dir="ltr"><<a href="mailto:reece@harts.net">reece@harts.net</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Hi-<div><br></div><div><span style="border-collapse:collapse;font-family:arial, sans-serif;font-size:13px">Does anyone know whether it would work to load NCBI exon structures directly into Ensembl?</span></div>

<div><span style="border-collapse:collapse;font-family:arial, sans-serif;font-size:13px"><br></span></div><div><span style="border-collapse:collapse;font-family:arial, sans-serif;font-size:13px"></span><span style="border-collapse:collapse;font-family:arial, sans-serif;font-size:13px">The goal is to use the Ensembl API to map between genome, transcript, and protein coordinates for variants specified using NCBI accessions. This requires exact NCBI exon structures.</span></div>

<div><span style="border-collapse:collapse;font-family:arial, sans-serif;font-size:13px"><br></span></div><div><span style="border-collapse:collapse;font-family:arial, sans-serif;font-size:13px"></span><span style="border-collapse:collapse;font-family:arial, sans-serif;font-size:13px">I'm hoping that populating the transcript, transcript_stable_id, exon, and exon_transcript tables with original NCBI data would suffice.</span></div>

<div><font face="arial, sans-serif"><span style="border-collapse:collapse"><br></span></font></div><div><font face="arial, sans-serif"><span style="border-collapse:collapse"><span style="font-size:13px">As Kiran Mukhyala pointed out in a separate thread, the RefSeq sequence differs from the GRCh37 sequence in some cases. I am content with using RefSeq exon structures on GRCh37.</span></span></font></div>

<div><font face="arial, sans-serif"><span style="border-collapse:collapse"><br></span></font></div><div><font face="arial, sans-serif"><span style="border-collapse:collapse">All code and advice is appreciated.</span></font></div>

<div><font face="arial, sans-serif"><span style="border-collapse:collapse"><br></span></font></div><div>Thanks,</div>
<div>Reece</div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br>