<div dir="ltr">Hi Vipin,<br>I guess you need to install the three mentioned modules (<b> LWP, HTTP::Request::Common, IO::String </b> ) before you can run this script... they are available at <a href="http://search.cpan.org/">http://search.cpan.org/</a> .<br clear="all">

<div dir="ltr">Regards,<br>Animesh<br><br>--------------------------"The Answer Lies In The Genome"--------------------------</div><br>
<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 1, 2011 at 1:52 PM, Vipin Singh <span dir="ltr"><<a href="mailto:ashvip@gmail.com">ashvip@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

<div>Hi, I am new to BioPerl. I am running a simple  script (see below) on windows to fetch sequence from swissprot.</div><div><br></div><div><br></div><div><div><b>use Bio::Perl;</b></div><div><b># this script will only work with an internet connection</b></div>


<div><b># on the computer it is run on</b></div><div><b>$seq_object = get_sequence('swiss',"ROA1_HUMAN");</b></div><div><b>write_sequence(">roa1.fasta",'fasta',$seq_object);</b></div>


</div><div><br></div><div>the script was given in one of the examples at Bioperl.org.</div><div><br></div><div>This is the output I get ... please guide.</div><div><br></div><div>Y<b>our system does not have one of LWP, HTTP::Request::Common, IO::String installed so the DB retrieval method is not available.</b></div>


<div><b>Full error message is:</b></div><div><b><br></b></div><div><b> at C:/Perl/site/lib/Bio/Perl.pm line 476</b></div><div><b>        Bio::Perl::get_sequence('swiss', 'ROA1_HUMAN') called at <a href="http://getseq.pl" target="_blank">getseq.pl</a> line 4</b></div>


<div><br></div><div><div> I have restalled BioPerl several times but to no avail.</div><div>Please help.</div></div><br><font color="#888888">-- <br>Vipin Singh,<br>Senior Research Fellow, <br>Centre for Cellular and Molecular Biology,<br>

Hyderabad - 500007<br>
India.<br>contact - 91-040-27192778<br>
</font><br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>