<div class="gmail_quote">On Wed, Jun 1, 2011 at 1:39 AM, Bronwen Aken <span dir="ltr"><<a href="mailto:ba1@sanger.ac.uk">ba1@sanger.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div>For the RefSeq models, RefSeq provides us with a flat file giving the genomic coordinates for all genes, transcripts and exons in their gene set. We load this up directly into the otherfeatures database and do not change any coordinates.</div>
<div></div></blockquote></div><br><div>Hi Bronwen-</div><div><br></div><div>Does NCBI provide this to you directly, or is it buried in a ftp directory somewhere? Getting this data via eutils is slow and convoluted, so I'd be thrilled to have a simpler route.</div>
<div><br></div><div>In v62 otherfeatures, meta shows the xref.timestamp as '2010-06-22 23:25:07'. Do I correctly infer that the otherfeatures data are about a year old?</div><div><br></div><div>I would love to be able to recreate exactly what Ensembl does for otherfeatures, but with newer data. Are there scripts and/or documentation somewhere?</div>
<div><br></div><div>Thanks,</div><div>Reece</div><div><br></div>