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<body class='hmmessage'>

Hi, all,<br>I have read documentation relevant to gene structure prediction jobs.<br><br>For the similarity build section,<br>The doc said that genomes were first scanned for putative gene locus using genscan, <br>then evidences like proteins from uniprot are blast agaisnt these genscan derived gene peptides.<br><br>This 'genscan->uniprot blast to genscan locus->genewise' approach was supposed to be saving the pipeline running times.<br>But this approach may missed several true gene locus as genscan (or other ab initio methods) could not identify them.<br><br>To overcome this 'low predicative power', and with the development of computer powers, at least:<br>during recent years, I found most genomes were annotated through this procedure: <br>uniprot->blast to genome -> target region genewise.<br><br>dose the current genebuild pipeline has some modules or routines can do this?<br><br>or currently genes built by ensembl still used the tradition routines (genscan->uniprot blast to genscan locus->genewise)?<br><br>best regards!<br><br>Wenkai<br><br>                                        </body>

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