And to suggest a further change, the 'ensembl alias name' and 'ensembl common name' entries in the ncbi_taxa_name table should be updated for the new taxon_id (see below). I tracked down this mismatch as the cause of the problems in my code, where the Orangutan NCBITaxon appears to have a blank Ensembl alias.<div>

<br></div><div>Cheers,</div><div> Greg<br><div><div><br></div><div><div>mysql> select * from ensembl_compara_62.ncbi_taxa_name where name_class like "%ensembl%" and taxon_id=9600\G</div><div>*************************** 1. row ***************************</div>

<div>  taxon_id: 9600</div><div>      name: Orangutan</div><div>name_class: ensembl alias name</div><div>*************************** 2. row ***************************</div><div>  taxon_id: 9600</div><div>      name: orangutan</div>

<div>name_class: ensembl common name</div><div>2 rows in set (0.00 sec)</div><div><br></div><div>mysql> select * from ensembl_compara_62.ncbi_taxa_name where name_class like "%ensembl%" and taxon_id=9601\G</div>

<div>Empty set (0.00 sec)</div><div><br></div><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 15, 2011 at 3:44 PM, Gregory Jordan <span dir="ltr"><<a href="mailto:greg@ebi.ac.uk">greg@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

<div>Hi all,</div><div><br></div><div>I came across a surprising change in the genome_db table from Compara v61 to v62: the orangutan taxon ID and species binomial are not what they used to be!</div><div><br></div><div>The change is understandable, as the Sumatran taxon identifier is more appropriate for the genome source, but I was caught off guard (and so was some of my code) by the abrupt change... perhaps some mention of this could go into the Ensembl changelog?</div>


<div><br></div><div>Cheers,</div><div> Greg</div><div><br></div><div><div><div>mysql> select * from ensembl_compara_62.genome_db where name like "%pongo%"\G;</div><div>*************************** 1. row ***************************</div>


<div>    genome_db_id: 60</div><div>        taxon_id: 9601</div><div>            name: pongo_abelii</div><div>        assembly: PPYG2</div><div>assembly_default: 1</div><div>       genebuild: 2007-10-Ensembl</div></div></div>


<div><div><br></div><div>mysql> select * from ensembl_compara_61.genome_db where name like "%pongo%"\G;</div><div>*************************** 1. row ***************************</div><div>    genome_db_id: 60</div>


<div>        taxon_id: 9600</div><div>            name: pongo_pygmaeus</div><div>        assembly: PPYG2</div><div>assembly_default: 1</div><div>       genebuild: 2007-10-Ensembl</div></div>
</blockquote></div><br></div></div></div>