<div>Hello,</div>
<div> </div>
<div>is the olny/best way of finding the assembly gaps of a genome:</div>
<div> </div>
<div>For each chromosome</div>
<div> </div>
<div>1) make a slice of that chromosome</div>
<div>2) get all the clones,</div>
<div>3) process the starts and ends in PERL (or another language after sending them to a file) to find the bps not covered by these?</div>
<div> </div>
<div>Thanks </div>
<div> </div>
<div>Jonathan</div>