
<HTML>

<HEAD>

<TITLE>slice fetch_all warnings</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<FONT FACE="Calibri, Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:11pt'>Hi All<BR>

<BR>

I am using the following code to obtain all toplevel slices for the yeast genome.<BR>

<BR>

<BR>

my $slice_adaptor = $reg->get_adaptor('Saccharomyces cerevisiae', 'Core', 'Slice');<BR>

foreach my $slice (@{$slice_adaptor->fetch_all('toplevel', 'EF3')}){<BR>

  ...do something...<BR>

}<BR>

<BR>

However it is giving following warnings during the accession of Mito and 2-micro sequences.<BR>

<BR>

Use of uninitialized value in numeric gt (>) at /short/sharedapps/Ensembl/ensembl63/modules/Bio/EnsEMBL/DBSQL/SequenceAdaptor.pm line 150.<BR>

<BR>

Could somebody please shed some light on these warnings and let me know if it is a minor glitch or something of big concern?<BR>

<BR>

Thanking you<BR>

<BR>

Kind regards<BR>

<BR>

-- <BR>

</SPAN><SPAN STYLE='font-size:12pt'>Hardip R. Patel, PhD<BR>

</SPAN><SPAN STYLE='font-size:11pt'>Bioinformatician, Molecular Genetics Division,<BR>

Victor Chang Cardiac Research Institute,<BR>

Darlinghurst, NSW – 2010, Australia<BR>

(W): +61 – 2 – 9295 8611<BR>

(M): 0449 180 715<BR>

<BR>

</SPAN></FONT>

</BODY>

</HTML>