<div dir="ltr">Hi Carnė,<br>I feel most of the useful stuff is mentioned at <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/api/core/core_tutorial.html">http://www.ensembl.org/info/docs/api/core/core_tutorial.html</a> , need to modify to suit the purpose. Last time I used this approach to get genes in a region of genome by calling slice via the registry method, something on the lines:<br>

        my @db_adaptors = @{ $registry->get_all_DBAdaptors() };<br>        my $slice_adaptor = $registry->get_adaptor( $genome, 'Core', 'Slice' );<br>        my $slice = $slice_adaptor->fetch_by_region( 'chromosome', $chr, $chrs,$chre );<br>

        my @genes = @{ $slice->get_all_Genes() };<br>Hope this helps,<br clear="all"><div dir="ltr">Regards,<br>Animesh<br><br>--------------------------"The Answer Lies In The Genome"--------------------------</div>

<br>
<br><br><div class="gmail_quote">2011/7/19 Carnė Draug <span dir="ltr"><<a href="mailto:carandraug%2Bdev@gmail.com">carandraug+dev@gmail.com</a>></span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

Hi<br>
<br>
I can't find on the tutorials any info on how to something that I hope<br>
will be very simple.<br>
<br>
On the website, I can enter a query term and I get a list of gene and<br>
transcripts ids. I'd like to make that search with the perl API.<br>
However, I can't find any information on to do it on the tutorials.<br>
<br>
Also couldn't find anything when searching for 'query' on the list of<br>
the core API methods or in the mailing list (by the way, the ensembl<br>
mailing list archive is not searchable, I had to rely on google. It<br>
would probably be nice to do that).<br>
<br>
Could someone show me how to do that or point to the right package or<br>
documentation?<br>
<br>
Thanks in advance,<br>
Carnė Draug<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>