Hi Carn,<div><br></div><div>I'm not sure, but I have a feeling this may involve the Bio::Ensembl::OntologyTerm class? I should imagine you need to search Ensembl's GO terms for genes that match the '<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; color: rgb(51, 51, 51); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; ">histone h2a histone cluster 1'</span> class?</div>
<div><br></div><div>I'll do some investigating, but perhaps someone else may be able to clarify sooner?</div><div><br></div><div>See this link for some more information <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/classBio_1_1EnsEMBL_1_1OntologyTerm.html">http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/classBio_1_1EnsEMBL_1_1OntologyTerm.html</a></div>
<div><br></div><div>Cheers,</div><div><br>Steve </div><meta charset="utf-8"><div><br><div class="gmail_quote">On 19 July 2011 23:56,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:dev-request@ensembl.org">dev-request@ensembl.org</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Tue, 19 Jul 2011 18:43:18 +0100<br>
From: Carn? Draug <<a href="mailto:carandraug%2Bdev@gmail.com">carandraug+dev@gmail.com</a>><br>
Subject: [ensembl-dev] searchin on ensembl with perl API<br>
To: <a href="mailto:dev@ensembl.org">dev@ensembl.org</a><br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CAPOrs_1LWLSWudzY8vt-CrA6J8NX1BW5tYm1JMHb76XxY%2B9hJg@mail.gmail.com">CAPOrs_1LWLSWudzY8vt-CrA6J8NX1BW5tYm1JMHb76XxY+9hJg@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1<br>
<br>
Hi<br>
<br>
I can't find on the tutorials any info on how to something that I hope<br>
will be very simple.<br>
<br>
On the website, I can enter a query term and I get a list of gene and<br>
transcripts ids. I'd like to make that search with the perl API.<br>
However, I can't find any information on to do it on the tutorials.<br>
<br>
Also couldn't find anything when searching for 'query' on the list of<br>
the core API methods or in the mailing list (by the way, the ensembl<br>
mailing list archive is not searchable, I had to rely on google. It<br>
would probably be nice to do that).<br>
<br>
Could someone show me how to do that or point to the right package or<br>
documentation?<br>
<br>
Thanks in advance,<br>
Carn? Draug<br>
</blockquote></div><br><br>-- <br>Kindest regards,<br><br>Steve Moss<br><a href="http://stevemoss.ath.cx" target="_blank">http://stevemoss.ath.cx</a><br>
</div>