<div>We used to be able to run the following script without problem for previous releases.</div><div>It appears a simple join among homolgy,homology_member, and member tables times out.</div><div> </div><div>Error message returned by executing the perl script below is:</div>
<div>DBD::mysql::st execute failed: Server shutdown in progress at ./<a href="http://t.pl">t.pl</a> line 10.<br>DBD::mysql::st fetchrow_array failed: fetch() without execute() at ./<a href="http://t.pl">t.pl</a> line 12.</div>
<div> </div><div>Maybe some data columns are not indexed appropriately, or table corrupted? Thanks.</div><div> </div><div>===========================</div><div>#!/usr/local/bin/perl -w<br>use DBI;<br>use Carp;</div><div>my $dbh=DBI->connect("dbi:mysql:ensembl_compara_63:<a href="http://ensembldb.ensembl.org:5306">ensembldb.ensembl.org:5306</a>", "anonymous", "");<br>
$dbh->{RowCacheSize}=16*1024;<br>my $s_sql="SELECT m.taxon_id TAX_ID,h.homology_id HOMOLOGY_ID,m.stable_id GENE_ID,h.description DESCRIPTION FROM homology h,homology_member hm,member m WHERE h.homology_id=hm.homology_id AND hm.member_id=m.member_id AND m.taxon_id=9606 AND m.source_name ='ENSEMBLGENE'";</div>
<div>  my $sth = $dbh->prepare($s_sql) or confess "Preparing: , ".$dbh->errstr;<br><font color="#ff0000">  $sth->execute() or confess "Executing: ".$dbh->errstr;<br></font>  open(OUT, "> out.txt");<br>
  while (my @data = $sth->fetchrow_array()) {<br>    print OUT join("\t", @data), "\n";<br>  }<br>  $dbh->disconnect;<br>  close(OUT);<br></div><div> </div>