Hi Gonzalo,<div><br></div><div>I have done analyses on the UTRs before using this method and if I remember correctly a start() and end() coordinates method isn't available for the 5' and 3' UTRs. The way I did this was using the start and end coordinates of the transcript and the start and end of the coding region respectively. Obviously taking into account the strand!</div>
<div><br></div><div>e.g. </div><div><br>my $cds_stt = $transcript->coding_region_start;<br>my $cds_end = $transcript->coding_region_end;<br><br></div><div>if ($transcript->strand == 1) {<br>     my $fputr_stt = $transcript->start;</div>
<div>     my $fputr_end = $cds_stt - 1;</div><div>}</div><div>else {</div><div><meta charset="utf-8"><div>     my $fputr_stt = $transcript->end;</div><div>     my $fputr_end = $cds_end + 1;</div></div><div>}</div><div>
<br></div><div>Kindest regards,</div><div><br></div><div>Steve Moss<br><br><div class="gmail_quote">On 29 July 2011 12:00,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:dev-request@ensembl.org">dev-request@ensembl.org</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><br>
Message: 5<br>
Date: Thu, 28 Jul 2011 20:02:51 -0300<br>
From: Gonzalo Parra <<a href="mailto:gonza_parra@hotmail.com">gonza_parra@hotmail.com</a>><br>
Subject: [ensembl-dev] five_prime_utr<br>
To: <<a href="mailto:dev@ensembl.org">dev@ensembl.org</a>><br>
Message-ID: <BAY165-W374800E487E4B4266C57029D340@phx.gbl><br>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>
<br>
<br>
Hello people, Im new with this.<br>
I need to obtains the limits of five_prime_utr region.<br>
I do print $transcript->five_prime_utr()->start." ".$transcript->five_prime_utr()->end."\n";Like a saw in some forums and I get this<br>
Can't locate object method "start" via package "Bio::Seq" at Ensemblapi_one_tr.pl line 41.<br>
Could you help me please?<br>
Thanks in advance<br>
</blockquote></div><br>-- <br><div>Kindest regards,<br><br>Steve Moss, BSc (Hons)<br>------------------------------------<br>PhD Research Student<br><div><font size="2" color="#000000">Evolutionary Biology Group<br>Department of Biological Sciences</font></div>
<div><font size="2"><font><font color="#000000">University of Hull<br>Cottingham Road<br></font><font color="#000000">Hull, HU6 7RX</font></font></font></div>Evolution site: <a href="http://goo.gl/7ZReN" target="_blank">http://goo.gl/7ZReN</a></div>
<div><a href="http://www2.hull.ac.uk/science/biological_sciences/research/evolutionary_biology.aspx" target="_blank"></a>Work site: <a href="http://goo.gl/LzGQo" target="_blank">http://goo.gl/LzGQo</a></div><div>Personal site: <a href="http://stevemoss.ath.cx/" target="_blank">http://stevemoss.ath.cx/</a></div>
<br>
</div>