<html><body bgcolor="#FFFFFF"><div>Hello Simon,</div><div><br></div><div>Not all protein-coding transcript models have a 3' UTR. If you want to know which transcripts are protein-coding, ask for their biotype.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Bert<br><br>Sent from my iPhone</div><div><br>On Aug 2, 2011, at 8:15 PM, Simon Chan <<a href="mailto:sichan@bcgsc.ca">sichan@bcgsc.ca</a>> wrote:<br><br></div><div></div><blockquote type="cite"><div>
<div class="Section1">
<p class="MsoNormal">I wish to fetch all 3’ UTRs from the human genome
using the latest version of the core API (version 63), but I’m
noticing some differences in the API results and what I see on the website.
ENSTs that return nothing from the ‘three_prime_utr’ method should
be treated as non-protein coding RNAs. For ENSG00000187634, the API reports
that 3/9 transcripts have 3’UTR (as a result of being protein coding).
However, the website reports that 5/9 are protein coding. (See here: <a href="http://uswest.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/ProteinSummary?db=core;g=ENSG00000187634;r=1:860260-879955;t=ENST00000342066"><a href="http://uswest.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/ProteinSummary?db=core;g=ENSG00000187634;r=1:860260-879955;t=ENST00000342066">http://uswest.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/ProteinSummary?db=core;g=ENSG00000187634;r=1:860260-879955;t=ENST00000342066</a></a>
)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">My code and results are below. Many thanks for any
suggestions!<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Simon.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">#!/usr/bin/perl –w<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">use strict;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">use Bio::EnsEMBL::Registry;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">###<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">### Access the registry:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">###<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">my $registry = 'Bio::EnsEMBL::Registry';<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">$registry->load_registry_from_db(<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ### -host =>
'ensembldb.ensembl.org',<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ### -user =>
'anonymous'<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> -host =>
'ensembl01.bcgsc.ca', <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> -user => 'ensembl',<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> -pass =>
'ensembl',<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> -port => 3306,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> -species =>
'homo sapiens',<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> -verbose => 0,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> -db_version =>
63<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">);<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">my $gene_adaptor = $registry->get_adaptor('Human',
'Core', 'Gene');<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">my $gene_object =
$gene_adaptor->fetch_by_stable_id('ENSG00000187634');<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">my $all_trans = $gene_object->get_all_Transcripts();<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">for my $trans_obj ( @{$all_trans}
){ <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> my $ENST =
$trans_obj->stable_id;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> my $thr_utr =
$trans_obj->three_prime_utr;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> if (defined
$thr_utr){<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">
print "ENST:$ENST\t$thr_utr\n";<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> } else {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> print
"ENST:$ENST\tNoUTR\n";<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> }<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">}<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">### Results:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ENST:ENST00000420190 NoUTR<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ENST:ENST00000437963 NoUTR<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ENST:ENST00000342066
Bio::Seq=HASH(0x182a1850)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ENST:ENST00000341065
Bio::Seq=HASH(0x183fb870)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ENST:ENST00000455979
Bio::Seq=HASH(0x182a0c40)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ENST:ENST00000478729 NoUTR<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ENST:ENST00000474461 NoUTR<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ENST:ENST00000466827 NoUTR<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ENST:ENST00000464948 NoUTR<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div></blockquote><blockquote type="cite"><div><span>_______________________________________________</span><br><span>Dev mailing list <a href="mailto:Dev@ensembl.org"><a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a></a></span><br><span>List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev"><a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a></a></span><br><span>Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/"><a href="http://www.ensembl.info/">http://www.ensembl.info/</a></a></span><br></div></blockquote></body></html>