Hi Thibaut,<div><br></div><div>Thansk for your response. The schema seems complicated and I could not find any proper documentation on this database instance. Can you point me to the SQL queries that can help me fetch transcripts for Human body map 2.0 from this MYSQL instance? I could see a file transcript.txt with start and end position but there is no chromosome number attached to it. Where can I download these build transcripts from? </div>
<div><br></div><div>Thanks,</div><div>Jyoti<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 19, 2011 at 12:12 PM, Thibaut Hourlier <span dir="ltr"><<a href="mailto:th3@sanger.ac.uk">th3@sanger.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Hi<br>
you can use either the ftp site and create a local instance of the<br>
database:<br>
<a href="ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_mysql/homo_sapiens_rnaseq_63_37/" target="_blank">ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_mysql/homo_sapiens_rnaseq_63_37/</a><br>
<br>
or you can use the public MySQL Server:<br>
<br>
$db = new Bio::EnsEMBL::DBAdaptor(<br>
        -host => '<a href="http://ensembldb.ensembl.org" target="_blank">ensembldb.ensembl.org</a>',<br>
        -port => 5306O,<br>
        -user => 'anonymous',<br>
        -dbname => 'homo_sapiens_rnaseq_63_37');<br>
Then if you want only some tissues you can filter with the logic_name:<br>
+-----------------------+<br>
| logic_name            |<br>
+-----------------------+<br>
| adipose_rnaseq        |<br>
| adrenal_rnaseq        |<br>
| blood_rnaseq          |<br>
| brain_rnaseq          |<br>
| breast_rnaseq         |<br>
| colon_rnaseq          |<br>
| heart_rnaseq          |<br>
| kidney_rnaseq         |<br>
| liver_rnaseq          |<br>
| lung_rnaseq           |<br>
| lymph_rnaseq          |<br>
| ovary_rnaseq          |<br>
| prostate_rnaseq       |<br>
| skeletal_rnaseq       |<br>
| testes_rnaseq         |<br>
| thyroid_rnaseq        |<br>
+-----------------------+<br>
<br>
Regards<br>
Thibaut<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
On Fri, 2011-08-19 at 09:18 -0400, Jyoti Shah wrote:<br>
> Hi,<br>
><br>
><br>
> What is the best way to download the transcripts that were built using<br>
> Illumina data (Human body map 2.0) explained here:<br>
><br>
><br>
> <a href="http://www.ensembl.info/blog/2011/05/24/human-bodymap-2-0-data-from-illumina/" target="_blank">http://www.ensembl.info/blog/2011/05/24/human-bodymap-2-0-data-from-illumina/</a><br>
><br>
><br>
> I need to download the genomic coordinates.<br>
><br>
><br>
> Thanks!<br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<font color="#888888"><br>
<br>
<br>
--<br>
 The Wellcome Trust Sanger Institute is operated by Genome Research<br>
 Limited, a charity registered in England with number 1021457 and a<br>
 company registered in England with number 2742969, whose registered<br>
 office is 215 Euston Road, London, NW1 2BE.<br>
</font></blockquote></div><br></div>