Apologies yes it should have read<br><br>$vf->feature_Slice<br><br>Will<br><br>On Tuesday, 13 September 2011,  <<a href="mailto:cj5@sanger.ac.uk">cj5@sanger.ac.uk</a>> wrote:<br>> Hi Will,<br>> Thanks for the reply.<br>
> Can I ask about the solution below - isn't the slice to which a variation<br>> feature is attached an arbitrary slice, often the whole chromosome?<br>> This being the case, when we call<br>> $vf->adaptor->fetch_all_by_Slice($vf->slice) don't we get back more than<br>
> we need? Shouldn't we just be looking for colocated variants in a minimal<br>> slice corresponding to the variant location?<br>><br>> Thanks<br>> Chris<br>><br>>> Hi Chris,<br>>><br>>> We used to "merge" HGMD-PUBLIC variants with dbSNP variants where they<br>
>> were co-located, such that the HGMD identifier became a synonym of the<br>>> dbSNP variant.<br>>><br>>> We stopped doing this in release 62 since the HGMD and dbSNP<br>>> identifiers may not actually represent the same genomic change. I'm<br>
>> assuming the variant you have is one of those into which an HGMD<br>>> identifier was merged.<br>>><br>>> All members of the HGMD-PUBLIC set (renamed to 'HGMD-PUBLIC phenotype<br>>> variants') are now variants with HGMD identifiers as their primary<br>
>> identifier.<br>>><br>>> You can find if a dbSNP (or other) variant is co-located with a HGMD<br>>> variant using something like the following:<br>>><br>>> foreach my $colocated_hgmd_vf(grep {$_->source =~ /HGMD/}<br>
>> @{$vf->adaptor->fetch_all_by_Slice($vf->slice)}) {<br>>>    ....<br>>> }<br>>><br>>> Hope this helps<br>>><br>>> Will McLaren<br>>> Ensembl Variation<br>>><br>
>> On 13 September 2011 15:24,  <<a href="mailto:cj5@sanger.ac.uk">cj5@sanger.ac.uk</a>> wrote:<br>>>> Hi,<br>>>><br>>>> Could somebody please advise why the following code no longer picks up<br>
>>> the<br>>>> HGMD-PUBLIC Varation set when I change from Version 61 to 62?<br>>>><br>>>>            my $vf = $tv->variation_feature();   # $tv = Transcript<br>>>> Variant<br>
>>>            my $var = $vf->variation();<br>>>>            my @vs = @{$vs_adaptor->fetch_all_by_Variation($var)};<br>>>>            foreach my $vs (@vs) {<br>>>><br>>>>                if ($vs->name() =~ /HGMD-PUBLIC/) {<br>
>>>                    ....<br>>>>                }<br>>>>            }<br>>>><br>>>><br>>>><br>>>> Many Thanks<br>>>> --<br>>>> Chris Joyce<br>
>>> Wellcome Trust Sanger Institute<br>>>><br>>>><br>>>><br>>>><br>>>><br>>>> _______________________________________________<br>>>> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
>>> List admin (including subscribe/unsubscribe):<br>>>> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>>>> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/">http://www.ensembl.info/</a><br>
>>><br>>><br>><br>><br>><br>><br>> --<br>>  The Wellcome Trust Sanger Institute is operated by Genome Research<br>>  Limited, a charity registered in England with number 1021457 and a<br>
>  company registered in England with number 2742969, whose registered<br>>  office is 215 Euston Road, London, NW1 2BE.<br>>