Dear Daniel,<div><br>Yes, this is indeed a MySQL problem! Perhaps you are using the wrong username or password? This is the error that MySQL throws when there is an authentication issue.</div><div><br></div><div>If you change your script to use the following, you should see there are no issues:</div>
<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex; ">
use Bio::EnsEMBL::Registry;<br>my $registry = 'Bio::EnsEMBL::Registry';<br>$registry->load_registry_from_db( -host => '<a href="http://useastdb.ensembl.org">useastdb.ensembl.org</a>', -user => 'anonymous', -port => 5306);</blockquote>
<div><br></div><div>Have a play with your MySQL settings on the command line and then update your script accordingly if this is the case</div><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0.8ex; border-left-width: 1px; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-style: solid; padding-left: 1ex; ">
<span class="Apple-style-span">mysql -h </span><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">192.168.20.19</span><span class="Apple-style-span"> -u root --password=mypass -P3306</span></blockquote>
<div> </div><div>It may be that you have limited the root login to hosts matching locahost/<a href="http://127.0.0.1">127.0.0.1</a> only, and you may need to include <a href="http://192.168.20.0/24">192.168.20.0/24</a> to allow access from the subnet or just your 192.168.20.25 host?</div>
<div><br></div><div><div>Cheers,</div><div><br>Steve<br><br><div class="gmail_quote">On 14 September 2011 12:00,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:dev-request@ensembl.org">dev-request@ensembl.org</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Message: 1<br>
Date: Wed, 14 Sep 2011 09:36:33 +0100<br>
From: Anne Parker <<a href="mailto:ap5@sanger.ac.uk">ap5@sanger.ac.uk</a>><br>
Subject: Re: [ensembl-dev] unavailable Ensembl 'Comparative Genomics'<br>
        funnction with release 63<br>
To: ?? <<a href="mailto:danielchen06@gmail.com">danielchen06@gmail.com</a>><br>
Cc: Ensembl dev list <<a href="mailto:dev@ensembl.org">dev@ensembl.org</a>><br>
Message-ID: <<a href="mailto:2001680B-E04A-492D-97BC-776954B40F73@sanger.ac.uk">2001680B-E04A-492D-97BC-776954B40F73@sanger.ac.uk</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset=utf-8<br>
<br>
This is a MySQL permissions problem, I think, not anything to do with Ensembl:<br>
<br>
> Access denied for user 'root'@'192.168.20.25' (using password: YES)<br>
<br>
Can you connect to these databases from the command line, using the root user and password?<br>
<br>
Cheers<br>
<br>
Anne<br></blockquote></div><div><br></div>-- <br><div><b>Steve Moss</b><br>PhD Research Student<br><div><font size="2" color="#000000">Evolutionary Biology Group<br>Department of Biological Sciences</font></div><div><font size="2"><font><font color="#000000">University of Hull<br>
Cottingham Road<br></font><font color="#000000">Hull, HU6 7RX</font></font></font></div><div><font size="2"><font><font color="#000000"><br></font></font></font></div>Evolution site: <a href="http://goo.gl/7ZReN" target="_blank">http://goo.gl/7ZReN</a></div>
<div><a href="http://www2.hull.ac.uk/science/biological_sciences/research/evolutionary_biology.aspx" target="_blank"></a>Work site: <a href="http://goo.gl/LzGQo" target="_blank">http://goo.gl/LzGQo</a></div><div>Personal site: <a href="http://stevemoss.ath.cx/" target="_blank">http://stevemoss.ath.cx/</a></div>

</div></div>