<font face="arial, sans-serif">Hi All<br clear="all"></font><div><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">I just build a local Ensembl local sevrvice. </font><font face="arial, sans-serif">OS is Ubuntu 10.04.3, Perl5.10.1,Ensembl </font>release-63.</div>

<div><font face="arial, sans-serif">There are two problems.</font></div><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">First,</font></div>
<div><font face="arial, sans-serif">its 'Comparative Genomics' funnctions doesn't work, including </font><span style="font-family:'Luxi Sans', Helvetica, Arial, Geneva, sans-serif;font-size:13px;white-space:nowrap;background-color:rgb(255, 255, 255)">Alignments (image),</span><span style="font-family:arial, sans-serif"> </span><span style="font-family:'Luxi Sans', Helvetica, Arial, Geneva, sans-serif;font-size:13px;white-space:nowrap;background-color:rgb(255, 255, 255)">Alignments (text), </span><span style="font-family:'Luxi Sans', Helvetica, Arial, Geneva, sans-serif;font-size:13px;white-space:nowrap;background-color:rgb(255, 255, 255)">Multi-species view, </span><span style="font-family:'Luxi Sans', Helvetica, Arial, Geneva, sans-serif;font-size:13px;white-space:nowrap;background-color:rgb(255, 255, 255)">Synteny. Other views work very well.</span></div>

<div><span style="font-family:'Luxi Sans', Helvetica, Arial, Geneva, sans-serif;font-size:13px;white-space:nowrap;background-color:rgb(255, 255, 255)"><br></span></div><div><font face="'Luxi Sans', Helvetica, Arial, Geneva, sans-serif"><span style="white-space:nowrap">Second,</span></font></div>

<div><font face="'Luxi Sans', Helvetica, Arial, Geneva, sans-serif"><span style="white-space:nowrap">When I start up Ensembl, there are three databases can't be connected. The error massage is:</span></font></div>

<div><font face="'Luxi Sans', Helvetica, Arial, Geneva, sans-serif"><span style="white-space:nowrap"><br></span></font></div><div><font face="'Luxi Sans', Helvetica, Arial, Geneva, sans-serif"><span style="white-space:nowrap"><div>

[WARN] Can't connect to DATABASE_COMPARA</div><div>[WARN] DBI connect('database=ensembl_compara_63;host=192.168.20.19;port=3306','root',...) failed: Access denied for user 'root'@'192.168.20.25' (using password: YES) at /usr/local/ensembl/modules/EnsEMBL/Web/ConfigPacker_base.pm line 91</div>

<div>[WARN] Can't connect to DATABASE_CORE</div><div>[WARN] DBI connect('database=ensembl_ancestral_63;host=192.168.20.19;port=3306','root',...) failed: Access denied for user 'root'@'192.168.20.25' (using password: YES) at /usr/local/ensembl/modules/EnsEMBL/Web/ConfigPacker_base.pm line 91</div>

<div>[WARN] Can't connect to DATABASE_GO</div><div>[WARN] DBI connect('database=ensembl_ontology_63;host=192.168.20.19;port=3306','root',...) failed: Access denied for user 'root'@'192.168.20.25' (using password: YES)  at /usr/local/ensembl/modules/EnsEMBL/Web/ConfigPacker_base.pm line 91</div>

<div><br></div></span></font><span style="font-family:arial, sans-serif">Ensembl can connect to other databases, but not the above three. However, I can see them with MySql workbench.</span></div><div>
<span style="font-family:arial, sans-serif"><br></span></div><div><font face="arial, sans-serif">Homo_sapiens_** databases, and ensembl_***_63, sequence_mart_63, snp_mart_63, vega_mart_63, ontology_mart_63 databases have already been imported into MySql.</font></div>

<div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">Did I miss anything?</font></div><div><span style="font-family:arial, sans-serif">Is there any special configure entry in SiteDefs.pm, DEFAULTS.ini, and MULTI.ini ? Or something else.</span></div>

<div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">Please give a little help.</font></div><div><font face="arial, sans-serif"><br>
</font></div><div><font face="arial, sans-serif">Thanks millions.</font></div><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif">Daniel</font></div>
<div>-- </div><div>TILSI</div>Taicang Institute for Life Science Information<br>
</div>