
<HTML>

<HEAD>

<TITLE>Annotations for Insertion and Deletions</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<FONT FACE="Lucida Grande"><SPAN STYLE='font-size:11pt'>Hi,<BR>

I am using  emsembl API variant effect predictor (version 2.2) to annotate gene names,variations etc from the VCF file.<BR>

I use the following command<BR>

<BR>

perl /nfs/users/nfs_s/st5/src/ensembl-variation/scripts/examples/variant_effect_predictor.pl -i syzygy_noannotation.vcf -o syzygy_annotation.vcf --check_existing <BR>

<BR>

The annotations works fine except when there is insertion or deletions. <BR>

<BR>

For example </SPAN></FONT><FONT FACE="Verdana, Helvetica, Arial"><SPAN STYLE='font-size:12pt'>chr1:143767179 </SPAN></FONT><FONT FACE="Lucida Grande"><SPAN STYLE='font-size:10.5pt'>has insertion and is not annotated. There are many positions similar to this.<BR>

<BR>

I was wondering if you could help me with this problem?<BR>

<BR>

Thanks,<BR>

Salih <BR>

</SPAN></FONT>

</BODY>

</HTML>